Subcellular Localization
min:
: max
Winner_takes_all: endoplasmic reticulum, golgi, plasma membrane
Predictor Summary:
Predictor Summary:
- nucleus 1
- golgi 2
- extracellular 1
- endoplasmic reticulum 2
- vacuole 1
- plasma membrane 2
| Predictors | GFP | MS/MS | Papers |
|---|---|---|---|
PPI
No PPI Data
Homology
Paralog
| locus | Identity | Homology Identity |
|---|
Ortholog
| locus | Homology Species | Location | Identity | Homology Identity |
|---|---|---|---|---|
| CDY15191 | Canola | cytosol, golgi, plasma membrane | 97.45 | 97.45 |
| Bra032628.1-P | Field mustard | endoplasmic reticulum, golgi, plasma membrane | 82.8 | 90.28 |
| CDY37999 | Canola | cytosol, golgi, mitochondrion, plasma membrane | 89.17 | 89.17 |
| Bra033276.1-P | Field mustard | golgi, peroxisome, plasma membrane | 96.82 | 84.92 |
| CDX90018 | Canola | golgi, peroxisome, plasma membrane | 96.82 | 84.92 |
| AT5G42000.1 | Thale cress | plasma membrane | 79.62 | 81.17 |
Protein Annotations
| MapMan:35.2 | EntrezGene:839331 | UniProt:A0A178WFK4 | ProteinID:AEE27257.1 | EMBL:AF360237 | ArrayExpress:AT1G01230 |
| EnsemblPlantsGene:AT1G01230 | RefSeq:AT1G01230 | TAIR:AT1G01230 | RefSeq:AT1G01230-TAIR-G | EnsemblPlants:AT1G01230.1 | TAIR:AT1G01230.1 |
| EMBL:AY040036 | Unigene:At.23465 | GO:GO:0003674 | GO:GO:0005488 | GO:GO:0005515 | GO:GO:0005575 |
| GO:GO:0005622 | GO:GO:0005623 | GO:GO:0005737 | GO:GO:0005783 | GO:GO:0005789 | GO:GO:0006629 |
| GO:GO:0006950 | GO:GO:0006979 | GO:GO:0007275 | GO:GO:0008150 | GO:GO:0008152 | GO:GO:0009058 |
| GO:GO:0009605 | GO:GO:0009607 | GO:GO:0009987 | GO:GO:0010150 | GO:GO:0016020 | GO:GO:0016021 |
| GO:GO:0019725 | GO:GO:0030148 | GO:GO:0034976 | GO:GO:0035339 | GO:GO:0042742 | GO:GO:0090156 |
| GO:GO:1900060 | RefSeq:NP_563622.1 | ProteinID:OAP16315.1 | InterPro:ORMDL | PFAM:PF04061 | PIRSF:PIRSF018147 |
| PO:PO:0000013 | PO:PO:0000037 | PO:PO:0000084 | PO:PO:0000230 | PO:PO:0000293 | PO:PO:0001016 |
| PO:PO:0001017 | PO:PO:0001054 | PO:PO:0001078 | PO:PO:0001081 | PO:PO:0001185 | PO:PO:0004507 |
| PO:PO:0007064 | PO:PO:0007095 | PO:PO:0007098 | PO:PO:0007103 | PO:PO:0007115 | PO:PO:0007123 |
| PO:PO:0007611 | PO:PO:0007616 | PO:PO:0008019 | PO:PO:0009005 | PO:PO:0009006 | PO:PO:0009009 |
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| PO:PO:0020137 | PO:PO:0025022 | PO:PO:0025195 | PO:PO:0025281 | PANTHER:PTHR12665 | PANTHER:PTHR12665:SF14 |
| UniProt:Q9C5I0 | TMHMM:TMhelix | UniParc:UPI00000AA9D5 | : | : | : |
Description
ORMDL family protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9C5I0]
Coordinates
chr1:+:97412..99240
Molecular Weight (calculated)
18204.3 Da
IEP (calculated)
9.356
GRAVY (calculated)
0.202
Length
157 amino acids
Sequence
(BLAST)
(BLAST)
001: MANLYVKAVP PPDMNRNTEW FMYPGVWTTY MLILFFGWLV VLSVSGCSPG MAWTVVNLAH FVVTYHSFHW MKGTPFADDQ GIYNGLTWWE QMDNGQQLTR
101: NRKFLTLVPV VLYLIASHTT DYRHPWLFLN TLAVMVLVVA KFPNMHKVRI FGINGDK
101: NRKFLTLVPV VLYLIASHTT DYRHPWLFLN TLAVMVLVVA KFPNMHKVRI FGINGDK
Hydropathy Plot
About CropPAL
The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.