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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: cytosol

Predictor Summary:
  • nucleus 1
  • cytosol 3
  • mitochondrion 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:cytosol
Any Predictor:cytosol, nucleus
BaCelLo:nucleus
MultiLoc:cytosol
PProwler:mitochondrion
WoLF PSORT:cytosol
YLoc:cytosol
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
Bra024741.1-P Field mustard cytosol 53.06 94.83
CDY36104 Canola cytosol 94.56 94.56
CDY24399 Canola endoplasmic reticulum 2.89 94.44
Bra010996.1-P Field mustard cytosol 93.88 93.88
CDY51132 Canola cytosol 93.37 93.69
CDY42101 Canola cytosol 93.54 93.38
Bra039992.1-P Field mustard cytosol 21.09 93.23
Bra012474.1-P Field mustard cytosol 92.86 93.17
CDY24397 Canola cytosol 64.63 92.01
CDY24398 Canola extracellular, vacuole 12.07 87.65
CDY03849 Canola cytosol 78.57 87.33
AT3G25800.3 Thale cress cytosol 86.56 86.71
AT1G13320.1 Thale cress cytosol 85.37 85.52
CDX87453 Canola cytosol 22.28 85.06
CDX84994 Canola mitochondrion 16.5 81.51
CDY70440 Canola cytosol 20.92 79.35
Bra035030.1-P Field mustard cytosol 20.92 78.85
CDY35849 Canola plasma membrane 17.52 76.3
CDY31621 Canola endoplasmic reticulum, extracellular 20.24 74.84
CDX70737 Canola cytosol 14.29 70.59
CDX84995 Canola cytosol 20.92 65.43
Protein Annotations
Gene3D:1.25.10.10MapMan:13.4.1.2.4MapMan:18.4.24.1.2.1EntrezGene:839135UniProt:A0A178WIF0ProteinID:AAG50801.1
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PO:PO:0025195PO:PO:0025281PFscan:PS50077PANTHER:PTHR10648PANTHER:PTHR10648:SF20UniProt:Q38845
Symbol:RCN1SUPFAM:SSF48371EMBL:U21557EMBL:U27299UniParc:UPI00000AC6DF:
Description
PP2AA1Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q38845]
Coordinates
chr1:+:8951162..8955160
Molecular Weight (calculated)
65497.9 Da
IEP (calculated)
4.691
GRAVY (calculated)
0.145
Length
588 amino acids
Sequence
(BLAST)
001: MAMVDEPLYP IAVLIDELKN DDIQLRLNSI RRLSTIARAL GEERTRKELI PFLSENSDDD DEVLLAMAEE LGVFIPFVGG IEFAHVLLPP LESLCTVEET
101: CVREKAVESL CKIGSQMKEN DLVESFVPLV KRLAGGEWFA ARVSACGIFH VAYQGCTDVL KTELRATYSQ LCKDDMPMVR RAAASNLGKF ATTVESTFLI
201: AEIMTMFDDL TKDDQDSVRL LAVEGCAALG KLLEPQDCVA RILPVIVNFS QDKSWRVRYM VANQLYELCE AVGPDCTRTD LVPAYVRLLR DNEAEVRIAA
301: AGKVTKFCRL LNPELAIQHI LPCVKELSSD SSQHVRSALA SVIMGMAPIL GKDSTIEHLL PIFLSLLKDE FPDVRLNIIS KLDQVNQVIG IDLLSQSLLP
401: AIVELAEDRH WRVRLAIIEY VPLLASQLGI GFFDDKLGAL CMQWLQDKVY SIREAAANNL KRLAEEFGPE WAMQHLVPQV LDMVNNPHYL HRMMVLRAIS
501: LMAPVMGSEI TCSKFLPVVV EASKDRVPNI KFNVAKLLQS LIPIVDQSVV DKTIRQCLVD LSEDPDVDVR YFANQALNSI DGSTAAQS
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.