Factsheet for AT3G24440.1

Subcellular Localization

min:

: max

Winner_takes_all: nucleus

Predictor Summary:

nucleus 3
cytosol 1
mitochondrion 1
plastid 1

Predictors

GFP

MS/MS

Papers

Winner Takes All:	nucleus
Any Predictor:	cytosol, nucleus, plastid
BaCelLo:	nucleus
MultiLoc:	cytosol
PProwler:	mitochondrion
TargetP:	plastid
WoLF PSORT:	nucleus
YLoc:	nucleus

PPI

No PPI Data

Homology

Paralog

locus	Identity	Homology Identity

Ortholog

locus	Homology Species	Location	Identity	Homology Identity
CDX77427	Canola	nucleus	70.27	71.09
Bra015039.1-P	Field mustard	nucleus	69.27	70.08
CDY39555	Canola	nucleus	68.11	63.37
Bra015040.1-P	Field mustard	cytosol	35.38	62.83
CDX77426	Canola	cytosol	35.38	62.83
AT5G57380.1	Thale cress	nucleus	26.74	25.97
AT2G18880.1	Thale cress	nucleus	22.59	25.71
AT2G18870.1	Thale cress	nucleus, plasma membrane	9.63	24.27
AT4G30200.2	Thale cress	nucleus	28.74	24.23

Protein Annotations

MapMan:12.3.3.1.2.2	Gene3D:2.60.40.10	EntrezGene:822034	ProteinID:AEE76898.1	ArrayExpress:AT3G24440	EnsemblPlantsGene:AT3G24440
RefSeq:AT3G24440	TAIR:AT3G24440	RefSeq:AT3G24440-TAIR-G	EnsemblPlants:AT3G24440.1	TAIR:AT3G24440.1	ProteinID:BAB01947.1
EMBL:EF064791	InterPro:FN3_dom	InterPro:FN3_sf	GO:GO:0000003	GO:GO:0003674	GO:GO:0005488
GO:GO:0005515	GO:GO:0005575	GO:GO:0005622	GO:GO:0005623	GO:GO:0005634	GO:GO:0005654
GO:GO:0005677	GO:GO:0006139	GO:GO:0006351	GO:GO:0006355	GO:GO:0006464	GO:GO:0006950
GO:GO:0007275	GO:GO:0008150	GO:GO:0008152	GO:GO:0009058	GO:GO:0009409	GO:GO:0009628
GO:GO:0009791	GO:GO:0009908	GO:GO:0009987	GO:GO:0010048	GO:GO:0016043	GO:GO:0016571
GO:GO:0016607	GO:GO:0019538	GO:GO:0031062	GO:GO:0040029	GO:GO:0045814	GO:GO:0046872
GO:GO:0048572	GO:GO:0048575	GO:GO:0051571	GO:GO:0061087	InterPro:IPR003961	InterPro:IPR013783
InterPro:Ig-like_fold	RefSeq:NP_189087.1	InterPro:Oberon_PHD	PFAM:PF00041	PFAM:PF07227	PO:PO:0000013
PO:PO:0000025	PO:PO:0000037	PO:PO:0000084	PO:PO:0000230	PO:PO:0000293	PO:PO:0001016
PO:PO:0001017	PO:PO:0001054	PO:PO:0001078	PO:PO:0001081	PO:PO:0001185	PO:PO:0004507
PO:PO:0007064	PO:PO:0007095	PO:PO:0007098	PO:PO:0007103	PO:PO:0007115	PO:PO:0007123
PO:PO:0007611	PO:PO:0007616	PO:PO:0008019	PO:PO:0009005	PO:PO:0009006	PO:PO:0009009
PO:PO:0009010	PO:PO:0009025	PO:PO:0009029	PO:PO:0009030	PO:PO:0009031	PO:PO:0009032
PO:PO:0009046	PO:PO:0009047	PO:PO:0009052	PO:PO:0020030	PO:PO:0020038	PO:PO:0020100
PO:PO:0020137	PO:PO:0025022	PO:PO:0025195	PO:PO:0025281	PFscan:PS50853	PANTHER:PTHR21736
PANTHER:PTHR21736:SF17	UniProt:Q9LHF5	SUPFAM:SSF49265	UniParc:UPI00000AA077	Symbol:VRN5	SEG:seg

Description

VIL1VIN3-like protein 1 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9LHF5]

Coordinates

chr3:-:8875784..8878481

Molecular Weight (calculated)

66854.5 Da

IEP (calculated)

5.033

GRAVY (calculated)

-0.534

Length

602 amino acids

Sequence
(BLAST)

001: MDSSSTKSKI SHSRKTNKKS NKKHESNGKQ QQQQDVDGGG GCLRSSWICK NASCRANVPK EDSFCKRCSC CVCHNFDENK DPSLWLVCEP EKSDDVEFCG
101: LSCHIECAFR EVKVGVIALG NLMKLDGCFC CYSCGKVSQI LGCWKKQLVA AKEARRRDGL CYRIDLGYRL LNGTSRFSEL HEIVRAAKSM LEDEVGPLDG
201: PTARTDRGIV SRLPVAANVQ ELCTSAIKKA GELSANAGRD LVPAACRFHF EDIAPKQVTL RLIELPSAVE YDVKGYKLWY FKKGEMPEDD LFVDCSRTER
301: RMVISDLEPC TEYTFRVVSY TEAGIFGHSN AMCFTKSVEI LKPVDGKEKR TIDLVGNAQP SDREEKSSIS SRFQIGQLGK YVQLAEAQEE GLLEAFYNVD
401: TEKICEPPEE ELPPRRPHGF DLNVVSVPDL NEEFTPPDSS GGEDNGVPLN SLAEADGGDH DDNCDDAVSN GRRKNNNDCL VISDGSGDDT GFDFLMTRKR
501: KAISDSNDSE NHECDSSSID DTLEKCVKVI RWLEREGHIK TTFRVRFLTW FSMSSTAQEQ SVVSTFVQTL EDDPGSLAGQ LVDAFTDVVS TKRPNNGVMT
601: SH

Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.