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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: plastid

Predictor Summary:
  • plastid 7
  • cytosol 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:plastid
Any Predictor:cytosol, plastid
BaCelLo:plastid
ChloroP:plastid
MultiLoc:cytosol
Predotar:plastid
PProwler:plastid
TargetP:plastid
WoLF PSORT:plastid
YLoc:plastid
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
Bra022281.1-P Field mustard cytosol 84.1 92.3
CDX95788 Canola cytosol 22.43 90.22
VIT_16s0039g02570.t01 Wine grape plastid 67.01 65.11
KRH27784 Soybean plastid 64.44 62.41
CDX95789 Canola cytosol 32.29 62.08
Solyc03g096830.2.1 Tomato plastid 61.39 59.93
HORVU7Hr1G033940.1 Barley cytosol 47.99 54.93
GSMUA_Achr10P... Banana plastid 52.08 54.35
Os06t0199100-01 Rice cytosol 48.06 53.94
KXG19540 Sorghum plastid 52.29 52.07
Zm00001d045014_P003 Maize plastid 52.43 52.07
TraesCS7B01G066600.1 Wheat plastid 51.81 51.63
TraesCS7A01G161500.1 Wheat plastid 51.88 51.62
TraesCS7D01G162800.1 Wheat plastid 51.88 51.59
CDX92197 Canola cytosol 4.72 44.44
PGSC0003DMT400001470 Potato nucleus 2.22 18.18
AT4G30825.1 Thale cress cytosol, plastid 11.18 17.81
AT5G27270.1 Thale cress plastid 11.32 15.7
Protein Annotations
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PO:PO:0025022InterPro:PPR_longPFscan:PS51375PANTHER:PTHR24015PANTHER:PTHR24015:SF556InterPro:Pentatricopeptide_repeat
UniProt:Q5G1S8SUPFAM:SSF48452TIGRFAMs:TIGR00756InterPro:TPR-like_helical_dom_sfUniParc:UPI000009D936SEG:seg
Description
EMB1270Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18110, chloroplastic [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5G1S8]
Coordinates
chr3:-:6204429..6209801
Molecular Weight (calculated)
162346.0 Da
IEP (calculated)
7.226
GRAVY (calculated)
-0.218
Length
1440 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MAVSAGALAF PALSVRATLN PEIKDEQANI SSTTSSSQKF TYSRASPAVR WPHLNLREIY DSTPSQTLSS PVSPIAGTPD SGDVVDSIAS REEQKTKDET
0101: AVATRRRRVK KMNKVALIKA KDWRERVKFL TDKILSLKSN QFVADILDAR LVQMTPTDYC FVVKSVGQES WQRALEVFEW LNLRHWHSPN ARMVAAILGV
0201: LGRWNQESLA VEIFTRAEPT VGDRVQVYNA MMGVYSRSGK FSKAQELVDA MRQRGCVPDL ISFNTLINAR LKSGGLTPNL AVELLDMVRN SGLRPDAITY
0301: NTLLSACSRD SNLDGAVKVF EDMEAHRCQP DLWTYNAMIS VYGRCGLAAE AERLFMELEL KGFFPDAVTY NSLLYAFARE RNTEKVKEVY QQMQKMGFGK
0401: DEMTYNTIIH MYGKQGQLDL ALQLYKDMKG LSGRNPDAIT YTVLIDSLGK ANRTVEAAAL MSEMLDVGIK PTLQTYSALI CGYAKAGKRE EAEDTFSCML
0501: RSGTKPDNLA YSVMLDVLLR GNETRKAWGL YRDMISDGHT PSYTLYELMI LGLMKENRSD DIQKTIRDME ELCGMNPLEI SSVLVKGECF DLAARQLKVA
0601: ITNGYELEND TLLSILGSYS SSGRHSEAFE LLEFLKEHAS GSKRLITEAL IVLHCKVNNL SAALDEYFAD PCVHGWCFGS STMYETLLHC CVANEHYAEA
0701: SQVFSDLRLS GCEASESVCK SMVVVYCKLG FPETAHQVVN QAETKGFHFA CSPMYTDIIE AYGKQKLWQK AESVVGNLRQ SGRTPDLKTW NSLMSAYAQC
0801: GCYERARAIF NTMMRDGPSP TVESINILLH ALCVDGRLEE LYVVVEELQD MGFKISKSSI LLMLDAFARA GNIFEVKKIY SSMKAAGYLP TIRLYRMMIE
0901: LLCKGKRVRD AEIMVSEMEE ANFKVELAIW NSMLKMYTAI EDYKKTVQVY QRIKETGLEP DETTYNTLII MYCRDRRPEE GYLLMQQMRN LGLDPKLDTY
1001: KSLISAFGKQ KCLEQAEQLF EELLSKGLKL DRSFYHTMMK ISRDSGSDSK AEKLLQMMKN AGIEPTLATM HLLMVSYSSS GNPQEAEKVL SNLKDTEVEL
1101: TTLPYSSVID AYLRSKDYNS GIERLLEMKK EGLEPDHRIW TCFVRAASFS KEKIEVMLLL KALEDIGFDL PIRLLAGRPE LLVSEVDGWF EKLKSIEDNA
1201: ALNFVNALLN LLWAFELRAT ASWVFQLGIK RGIFSLDVFR VADKDWGADF RRLSGGAALV ALTLWLDHMQ DASLEGYPES PKSVVLITGT AEYNGISLDK
1301: TLKACLWEMG SPFLPCKTRT GLLVAKAHSL RMWLKDSPFC FDLELKDSVS LPESNSMDLI DGCFIRRGLV PAFNHIKERL GGFVSPKKFS RLALLPDEMR
1401: ERVIKTDIEG HRQKLEKMKK KKMGNETNGI NTRRKFVRSK
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.