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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: cytosol

Predictor Summary:
  • nucleus 1
  • plastid 3
  • cytosol 3
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:cytosol
Any Predictor:cytosol, nucleus, plastid
BaCelLo:nucleus
ChloroP:plastid
iPSORT:plastid
MultiLoc:cytosol
PProwler:plastid
WoLF PSORT:cytosol
YLoc:cytosol
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDY61670 Canola cytosol 87.23 86.92
CDX78827 Canola cytosol 83.81 86.3
Bra013286.1-P Field mustard cytosol 86.06 85.91
VIT_10s0003g02680.t01 Wine grape vacuole 62.41 65.84
KRH37778 Soybean nucleus 61.87 61.43
Solyc02g071260.2.1 Tomato cytosol, plastid 61.15 59.81
PGSC0003DMT400007944 Potato cytosol, plastid 61.06 59.77
KRH12820 Soybean cytosol 58.63 59.38
AT2G18790.1 Thale cress nucleus 56.56 53.67
AT4G16250.1 Thale cress plastid 54.59 52.15
AT1G09570.3 Thale cress cytosol 47.3 46.71
AT5G35840.1 Thale cress mitochondrion 45.41 45.45
Protein Annotations
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PO:PO:0025281PRINTS:PR01033ScanProsite:PS00245PFscan:PS50046PFscan:PS50109PFscan:PS50112
PANTHER:PTHR43719PANTHER:PTHR43719:SF17InterPro:Phyto_chromo_BSInterPro:Phyto_chromo_attachmentInterPro:PhytochromeInterPro:Phytochrome_A-E
InterPro:Phytochrome_cen-regSMART:SM00065SMART:SM00091SMART:SM00387SMART:SM00388SUPFAM:SSF55781
SUPFAM:SSF55785SUPFAM:SSF55874TIGRFAMs:TIGR00229UniParc:UPI0001A7B10D::
Description
PHYEPhytochrome E [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P42498]
Coordinates
chr4:-:10042137..10046346
Molecular Weight (calculated)
122523.0 Da
IEP (calculated)
5.983
GRAVY (calculated)
-0.143
Length
1112 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MGFESSSSAA SNMKPQPQKS NTAQYSVDAA LFADFAQSIY TGKSFNYSKS VISPPNHVPD EHITAYLSNI QRGGLVQPFG CLIAVEEPSF RILGLSDNSS
0101: DFLGLLSLPS TSHSGEFDKV KGLIGIDART LFTPSSGASL SKAASFTEIS LLNPVLVHSR TTQKPFYAIL HRIDAGIVMD LEPAKSGDPA LTLAGAVQSQ
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0801: ISLYQGIAGD NVPESSLVEF FNKEGKYIEA SLTANKSTNI EGKVIRCFFF LQIINKESGL SCPELKESAQ SLNELTYVRQ EIKNPLNGIR FAHKLLESSE
0901: ISASQRQFLE TSDACEKQIT TIIESTDLKS IEEGKLQLET EEFRLENILD TIISQVMIIL RERNSQLRVE VAEEIKTLPL NGDRVKLQLI LADLLRNIVN
1001: HAPFPNSWVG ISISPGQELS RDNGRYIHLQ FRMIHPGKGL PSEMLSDMFE TRDGWVTPDG LGLKLSRKLL EQMNGRVSYV REDERCFFQV DLQVKTMLGV
1101: ESRGTEGSSS IK
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.