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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: mitochondrion

Predictor Summary:
  • plastid 1
  • mitochondrion 4
  • nucleus 1
  • cytosol 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:mitochondrion
Any Predictor:cytosol, mitochondrion, nucleus, plastid
BaCelLo:plastid
iPSORT:mitochondrion
MultiLoc:mitochondrion
PProwler:mitochondrion
TargetP:mitochondrion
WoLF PSORT:nucleus
YLoc:cytosol
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDY38546 Canola cytosol, plastid 87.49 87.02
CDY06455 Canola cytosol, mitochondrion, nucleus, plastid 87.49 86.94
Bra039485.1-P Field mustard cytosol, plastid 87.22 86.75
GSMUA_Achr4P32940_001 Banana cytosol 7.29 69.83
VIT_12s0057g00980.t01 Wine grape cytosol, plastid 64.9 64.49
PGSC0003DMT400044822 Potato plastid 62.92 62.41
Solyc07g045480.2.1 Tomato plastid 62.38 61.99
GSMUA_Achr6P00080_001 Banana mitochondrion 52.75 58.42
TraesCS5D01G401000.1 Wheat cytosol, plastid 59.05 57.59
HORVU5Hr1G095530.2 Barley plastid 59.14 57.28
Zm00001d034038_P002 Maize peroxisome 58.51 57.27
EER93439 Sorghum plastid 58.15 56.92
TraesCS5A01G391300.2 Wheat cytosol, plastid 58.87 56.19
TraesCS5B01G396200.1 Wheat plastid 55.9 53.91
GSMUA_Achr4P32930_001 Banana cytosol 27.72 52.29
AT1G09570.3 Thale cress cytosol 52.03 51.33
Zm00001d018728_P001 Maize cytosol, mitochondrion 9.54 49.77
AT2G18790.1 Thale cress nucleus 50.41 47.78
AT4G16250.1 Thale cress plastid 49.23 46.99
Zm00001d013262_P001 Maize nucleus, plastid 57.88 46.9
Os03t0752100-01 Rice cytosol 9.45 45.85
AT4G18130.1 Thale cress cytosol 45.45 45.41
Zm00001d006712_P001 Maize peroxisome 7.02 44.57
Zm00001d050162_P001 Maize cytosol 5.49 44.2
Zm00001d012117_P001 Maize cytosol 5.67 43.15
Zm00001d022520_P001 Maize cytosol 5.67 43.15
Protein Annotations
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InterPro:IPR036890RefSeq:NP_198433.1UniProt:P14714InterPro:PACInterPro:PASInterPro:PAS-like_dom_sf
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PO:PO:0020137PO:PO:0025022PO:PO:0025281PRINTS:PR01033ScanProsite:PS00245PFscan:PS50046
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EMBL:X17343SEG:seg::::
Description
PHYCPhytochrome C [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P14714]
Coordinates
chr5:+:14007812..14011848
Molecular Weight (calculated)
123729.0 Da
IEP (calculated)
5.913
GRAVY (calculated)
-0.092
Length
1111 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MSSNTSRSCS TRSRQNSRVS SQVLVDAKLH GNFEESERLF DYSASINLNM PSSSCEIPSS AVSTYLQKIQ RGMLIQPFGC LIVVDEKNLK VIAFSENTQE
0101: MLGLIPHTVP SMEQREALTI GTDVKSLFLS PGCSALEKAV DFGEISILNP ITLHCRSSSK PFYAILHRIE EGLVIDLEPV SPDEVPVTAA GALRSYKLAA
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0301: LSQPISLSGS TLRAPHGCHA QYMSNMGSVA SLVMSVTING SDSDEMNRDL QTGRHLWGLV VCHHASPRFV PFPLRYACEF LTQVFGVQIN KEAESAVLLK
0401: EKRILQTQSV LCDMLFRNAP IGIVTQSPNI MDLVKCDGAA LYYRDNLWSL GVTPTETQIR DLIDWVLKSH GGNTGFTTES LMESGYPDAS VLGESICGMA
0501: AVYISEKDFL FWFRSSTAKQ IKWGGARHDP NDRDGKRMHP RSSFKAFMEI VRWKSVPWDD MEMDAINSLQ LIIKGSLQEE HSKTVVDVPL VDNRVQKVDE
0601: LCVIVNEMVR LIDTAAVPIF AVDASGVING WNSKAAEVTG LAVEQAIGKP VSDLVEDDSV ETVKNMLALA LEGSEERGAE IRIRAFGPKR KSSPVELVVN
0701: TCCSRDMTNN VLGVCFIGQD VTGQKTLTEN YSRVKGDYAR IMWSPSTLIP PIFITNENGV CSEWNNAMQK LSGIKREEVV NKILLGEVFT TDDYGCCLKD
0801: HDTLTKLRIG FNAVISGQKN IEKLLFGFYH RDGSFIEALL SANKRTDIEG KVTGVLCFLQ VPSPELQYAL QVQQISEHAI ACALNKLAYL RHEVKDPEKA
0901: ISFLQDLLHS SGLSEDQKRL LRTSVLCREQ LAKVISDSDI EGIEEGYVEL DCSEFGLQES LEAVVKQVME LSIERKVQIS CDYPQEVSSM RLYGDNLRLQ
1001: QILSETLLSS IRFTPALRGL CVSFKVIARI EAIGKRMKRV ELEFRIIHPA PGLPEDLVRE MFQPLRKGTS REGLGLHITQ KLVKLMERGT LRYLRESEMS
1101: AFVILTEFPL I
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.