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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: nucleus

Predictor Summary:
  • nucleus 3
  • cytosol 1
  • mitochondrion 1
  • plastid 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:nucleus
Any Predictor:cytosol, nucleus, plastid
BaCelLo:nucleus
MultiLoc:cytosol
PProwler:mitochondrion
TargetP:plastid
WoLF PSORT:nucleus
YLoc:nucleus
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDX92112 Canola cytosol 88.57 91.53
CDX95888 Canola cytosol 89.76 90.07
Bra022192.1-P Field mustard cytosol 90.44 88.93
CDX75900 Canola cytosol 86.69 87.97
Bra001650.1-P Field mustard cytosol 11.43 87.58
CDX82382 Canola cytosol 13.65 86.96
AT4G16250.1 Thale cress plastid 80.12 80.67
VIT_05s0077g00940.t01 Wine grape cytosol 75.77 78.65
PGSC0003DMT400061712 Potato cytosol, plastid 74.91 77.7
Solyc01g059870.2.1 Tomato cytosol 73.55 76.22
KRH36969 Soybean nucleus 73.21 75.46
Os03t0309200-01 Rice nucleus, plasma membrane 70.73 74.02
KRH11936 Soybean nucleus 72.44 73.89
Zm00001d028905_P001 Maize extracellular 71.25 71.92
Solyc05g053410.2.1 Tomato nucleus, plastid 68.0 71.1
PGSC0003DMT400069974 Potato mitochondrion 68.17 71.02
EER94971 Sorghum plastid 71.25 70.88
TraesCS4D01G183400.1 Wheat plastid 70.39 70.88
TraesCS4B01G182400.1 Wheat plastid 70.39 70.75
TraesCS4A01G122500.2 Wheat plastid 70.39 70.75
HORVU4Hr1G053400.1 Barley plasma membrane 70.39 70.63
Zm00001d047632_P001 Maize plastid 70.22 70.58
GSMUA_Achr3P08340_001 Banana nucleus 64.16 69.05
Zm00001d025231_P001 Maize cytosol 8.11 59.38
AT4G18130.1 Thale cress cytosol 53.67 56.56
Zm00001d000219_P001 Maize cytosol 5.2 54.95
AT1G09570.3 Thale cress cytosol 49.32 51.33
AT5G35840.1 Thale cress mitochondrion 47.78 50.41
Zm00001d024238_P001 Maize cytosol 12.63 33.64
Protein Annotations
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PRINTS:PR01033ScanProsite:PS00245PFscan:PS50046PFscan:PS50109PFscan:PS50112PANTHER:PTHR43719
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Description
PHYBPhytochrome [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A178W0V4]
Coordinates
chr2:+:8139763..8144461
Molecular Weight (calculated)
129339.0 Da
IEP (calculated)
5.691
GRAVY (calculated)
-0.112
Length
1172 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MVSGVGGSGG GRGGGRGGEE EPSSSHTPNN RRGGEQAQSS GTKSLRPRSN TESMSKAIQQ YTVDARLHAV FEQSGESGKS FDYSQSLKTT TYGSSVPEQQ
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0501: DVVEWLLANH ADSTGLSTDS LGDAGYPGAA ALGDAVCGMA VAYITKRDFL FWFRSHTAKE IKWGGAKHHP EDKDDGQRMH PRSSFQAFLE VVKSRSQPWE
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0801: IFAADENTCC LEWNMAMEKL TGWSRSEVIG KMIVGEVFGS CCMLKGPDAL TKFMIVLHNA IGGQDTDKFP FPFFDRNGKF VQALLTANKR VSLEGKVIGA
0901: FCFLQIPSPE LQQALAVQRR QDTECFTKAK ELAYICQVIK NPLSGMRFAN SLLEATDLNE DQKQLLETSV SCEKQISRIV GDMDLESIED GSFVLKREEF
1001: FLGSVINAIV SQAMFLLRDR GLQLIRDIPE EIKSIEVFGD QIRIQQLLAE FLLSIIRYAP SQEWVEIHLS QLSKQMADGF AAIRTEFRMA CPGEGLPPEL
1101: VRDMFHSSRW TSPEGLGLSV CRKILKLMNG EVQYIRESER SYFLIILELP VPRKRPLSTA SGSGDMMLMM PY
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.