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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: plastid

Predictor Summary:
  • nucleus 2
  • plastid 4
  • cytosol 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:plastid
Any Predictor:cytosol, nucleus, plastid
BaCelLo:nucleus
ChloroP:plastid
MultiLoc:cytosol
PProwler:plastid
TargetP:plastid
WoLF PSORT:plastid
YLoc:nucleus
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
AT2G18790.1 Thale cress nucleus 80.67 80.12
VIT_05s0077g00940.t01 Wine grape cytosol 73.45 75.73
PGSC0003DMT400061712 Potato cytosol, plastid 72.25 74.42
Solyc01g059870.2.1 Tomato cytosol 71.22 73.3
KRH36969 Soybean nucleus 71.05 72.74
KRH11936 Soybean nucleus 70.96 71.89
Os03t0309200-01 Rice nucleus, plasma membrane 68.13 70.8
Solyc05g053410.2.1 Tomato nucleus, plastid 65.98 68.51
Zm00001d028905_P001 Maize extracellular 68.3 68.48
PGSC0003DMT400069974 Potato mitochondrion 66.15 68.44
TraesCS4D01G183400.1 Wheat plastid 68.38 68.38
TraesCS4A01G122500.2 Wheat plastid 68.38 68.27
TraesCS4B01G182400.1 Wheat plastid 68.38 68.27
EER94971 Sorghum plastid 68.73 67.91
HORVU4Hr1G053400.1 Barley plasma membrane 67.96 67.72
Zm00001d047632_P001 Maize plastid 67.53 67.41
GSMUA_Achr3P08340_001 Banana nucleus 61.86 66.12
AT4G18130.1 Thale cress cytosol 52.15 54.59
Zm00001d025231_P001 Maize cytosol 7.47 54.38
AT1G09570.3 Thale cress cytosol 49.83 51.51
Zm00001d000219_P001 Maize cytosol 4.73 49.55
AT5G35840.1 Thale cress mitochondrion 46.99 49.23
Zm00001d024238_P001 Maize cytosol 12.11 32.05
Protein Annotations
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PO:PO:0025022PRINTS:PR01033ScanProsite:PS00245PFscan:PS50046PFscan:PS50109PFscan:PS50112
PANTHER:PTHR43719PANTHER:PTHR43719:SF12InterPro:Phyto_chromo_BSInterPro:Phyto_chromo_attachmentInterPro:PhytochromeInterPro:Phytochrome_A-E
InterPro:Phytochrome_cen-regSMART:SM00065SMART:SM00091SMART:SM00387SMART:SM00388SUPFAM:SSF55781
SUPFAM:SSF55785SUPFAM:SSF55874TIGRFAMs:TIGR00229UniParc:UPI0000131A6ASEG:seg:
Description
PHYDPhytochrome D [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P42497]
Coordinates
chr4:-:9195247..9199840
Molecular Weight (calculated)
129276.0 Da
IEP (calculated)
6.094
GRAVY (calculated)
-0.145
Length
1164 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MVSGGGSKTS GGEAASSGHR RSRHTSAAEQ AQSSANKALR SQNQQPQNHG GGTESTNKAI QQYTVDARLH AVFEQSGESG KSFDYSQSLK TAPYDSSVPE
0101: QQITAYLSRI QRGGYTQPFG CLIAVEESTF TIIGYSENAR EMLGLMSQSV PSIEDKSEVL TIGTDLRSLF KSSSYLLLER AFVAREITLL NPIWIHSNNT
0201: GKPFYAILHR VDVGILIDLE PARTEDPALS IAGAVQSQKL AVRAISHLQS LPSGDIKLLC DTVVESVRDL TGYDRVMVYK FHEDEHGEVV AESKRNDLEP
0301: YIGLHYPATD IPQASRFLFK QNRVRMIVDC YASPVRVVQD DRLTQFICLV GSTLRAPHGC HAQYMTNMGS IASLAMAVII NGNEEDGNGV NTGGRNSMRL
0401: WGLVVCHHTS ARCIPFPLRY ACEFLMQAFG LQLNMELQLA LQVSEKRVLR MQTLLCDMLL RDSPAGIVTQ RPSIMDLVKC NGAAFLYQGK YYPLGVTPTD
0501: SQINDIVEWL VANHSDSTGL STDSLGDAGY PRAAALGDAV CGMAVACITK RDFLFWFRSH TEKEIKWGGA KHHPEDKDDG QRMNPRSSFQ TFLEVVKSRC
0601: QPWETAEMDA IHSLQLILRD SFKESEAMDS KAAAAGAVQP HGDDMVQQGM QEIGAVAREM VRLIETATVP IFAVDIDGCI NGWNAKIAEL TGLSVEDAMG
0701: KSLVRELIYK EYKETVDRLL SCALKGDEGK NVEVKLKTFG SELQGKAMFV VVNACSSKDY LNNIVGVCFV GQDVTGHKIV MDKFINIQGD YKAIIHSPNP
0801: LIPPIFAADE NTCCLEWNTA MEKLTGWPRS EVIGKLLVRE VFGSYCRLKG PDALTKFMIV LHNAIGGQDT DKFPFPFFDR KGEFIQALLT LNKRVSIDGK
0901: IIGAFCFLQI PSPELQQALE VQRRQESEYF SRRKELAYIF QVIKNPLSGL RFTNSLLEDM DLNEDQKQLL ETSVSCEKQI SKIVGDMDVK SIDDGSFLLE
1001: RTEFFIGNVT NAVVSQVMLV VRERNLQLIR NIPTEVKSMA VYGDQIRLQQ VLAEFLLSIV RYAPMEGSVE LHLCPTLNQM ADGFSAVRLE FRMACAGEGV
1101: PPEKVQDMFH SSRWTSPEGL GLSVCRKILK LMNGGVQYIR EFERSYFLIV IELPVPLMMM MPSS
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.