Skip to main content
crop-pal logo
Rice
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: plastid

Predictor Summary:
  • nucleus 2
  • cytosol 2
  • extracellular 1
  • endoplasmic reticulum 1
  • vacuole 1
  • plasma membrane 1
  • golgi 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:plastid
Any Predictor:cytosol, nucleus, secretory
BaCelLo:nucleus
MultiLoc:cytosol
PProwler:secretory
WoLF PSORT:nucleus
YLoc:cytosol
plastid: 27992503
msms PMID: 27992503 doi
S Xing, X Meng, L Zhou, H Mujahid, C Zhao, Y Zhang, C Wang, Z Peng
Department of Biochemistry, Molecular Biology, Entomology and Plant Pathology, Mississippi State University, Starkville, Mississippi, United States of America., Institute of Food Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Jiangsu High Quality Rice Research and Development Center, Nanjing Branch of China National Center for Rice Improvement, Nanjing, Jiangsu, China.
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDX97269 Canola cytosol 0.67 54.55
CDY50376 Canola cytosol 4.17 31.99
CDX91288 Canola cytosol 4.02 27.35
PGSC0003DMT400029640 Potato cytosol 4.83 25.96
Os05t0151400-01 Rice plastid 6.23 25.5
GSMUA_Achr9P31010_001 Banana cytosol 4.61 24.87
GSMUA_Achr6P20360_001 Banana cytosol 5.2 24.58
GSMUA_Achr9P31000_001 Banana cytosol 4.98 24.36
Bra018546.1-P Field mustard mitochondrion 4.02 24.1
KRH59116 Soybean nucleus 5.54 23.87
KRH43000 Soybean nucleus 5.19 23.38
Solyc09g074940.1.1 Tomato plastid 5.99 22.81
Os03t0240500-01 Rice plastid 1.35 22.02
Os03t0835100-00 Rice cytosol, plastid 4.96 21.97
VIT_05s0020g01290.t01 Wine grape cytosol 5.3 21.92
VIT_07s0005g00180.t01 Wine grape plastid 6.01 21.91
KRH02257 Soybean cytosol 3.44 21.4
Os10t0548800-01 Rice cytosol, plasma membrane, plastid 3.93 20.83
Solyc01g080780.2.1 Tomato nucleus 4.29 20.78
Os12t0197400-01 Rice mitochondrion 3.01 20.46
AT4G02510.4 Thale cress nucleus 5.71 20.29
Bra036261.1-P Field mustard nucleus 5.77 19.82
PGSC0003DMT400016119 Potato cytosol, nucleus, plastid 4.9 19.25
KRH30746 Soybean cytosol 0.47 19.08
CDX97270 Canola cytosol 1.46 17.77
Bra033515.1-P Field mustard cytosol 3.54 17.15
CDY44175 Canola cytosol 2.75 15.91
AT4G15810.1 Thale cress cytosol 2.66 15.47
CDY22896 Canola cytosol 2.66 14.02
Protein Annotations
EnsemblPlants:Os01t0356800-00EnsemblPlantsGene:Os01g0356800Gene3D:3.40.50.300GO:GO:0000166GO:GO:0003674GO:GO:0005488
GO:GO:0005525InterPro:G_AIG1InterPro:IPR006703InterPro:P-loop_NTPaseInterPro:TOC159_MADncoils:Coil
PANTHER:PTHR10903PANTHER:PTHR10903:SF105PFAM:PF04548PFAM:PF11886PFscan:PS51720ProteinID:BAS72069.1
SEG:segSUPFAM:SSF52540UniParc:UPI000393B5F9UniProt:A0A0P0V2C9MapMan:23.1.2.2:
Description
endosperm-specific gene 6Domain of unknown function DUF3406, chloroplast translocase domain containing protein. (Os01t0356800-00)
Coordinates
chr1:+:14414670..14435665
Molecular Weight (calculated)
600552.0 Da
IEP (calculated)
4.034
GRAVY (calculated)
-0.705
Length
5342 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MAQLLVTDVP VVDGIMDIEN YAPDMVYVEP EKEKHEEQNV LSMPEAKITK LEEGKHTKAG EGNEFHQEEL EYSAENPITA GSIEVSDLAL SSIQSIQCEE
0101: SDQLKLLRTY VESDGMTIVE AKIQKEQSSP KDIEVEVVGL QDISGLKLEL DVLGLEEQNI RCSQVEKFQD KTEFVADKYH ERHLDHVELV VPGNDKEHDA
0201: LYVVEPSASL LDDEGTNFVE DDKLAHAKLE SLLKNVSENR VESLVQAEAN TNETELLEPD MKSNADLKAI RIVKFKESDD MKLCKEDCIS DCFAMEEDDM
0301: IKATSTVNDN GVSVVIHEAK DDNKNVFEDH GMIEDKTYIV PQKYFEPEKF SIEFKNLNGE VEEDKQKEIL VLQDKSNMMQ DKKDQNNLEQ TNSNGGEEEL
0401: QVKDKDLVAL EVEESELKVT GLVAVSDIEL RTTEAIRCEE SDRVKLTRDD LESDCSAVHT DKVLRDASLG KNFEESGANL AAADDDKNHI VDWGMKEENS
0501: ISLQVETIED KTNFMPEKFS ELEKVYTGCE KLNNKKEEQE ENDKINTLKD EKDHNTFEHT DSIKGEVQLP DKDKNLVTLE AEGSVLEVMH SVSLRYAELR
0601: SIETLQGEEG DGVKSMDDFL KSDCMIVQAN VHNELSTPTN VDVEEVDLQD DETFYIGEPK AVKLEDVNET NIEEDDKMVL EEVESPIKND NKTVLVEVES
0701: PVKNVCLETL ETERDILSED EKEMEVGHVN ECSEIEVGLM VKEVVNKIEL EEADSETKSN VDKKPIQILQ FEHMDEAEFG ADDSKSNYLA VNADNVQRDA
0801: SLRKNIEESS ASLDGADDEK NDMAYCGMKE ANTMSLHVET MEEKTNFTPE KSSVPGKNYT EFEKLNDEGE EEEQNDKIVT LKDEKDHNTF EHTYSIGGEV
0901: ELLVKDENLV MLEAERSVPE VMDIIAVSDA ELRLIEHPHC EVTDAVKSAG DYSESDYMIL EGNLHNEPST PTDVGVETVD LQDETFYIGE PKATKLEDED
1001: EPNTEKNDKM VVGEVETPMK NVSLESLETT ENITSEDENE IKAGHLCESS ENDIRFPEKE DTNKIDLEVA DSVMEGYDDQ KPIKILQWEH MEEAEYSTAD
1101: SKSDLLTMYA DKVQRDASRG MNVEESGASL EGVDGGKNDV ANWGVKEGNN LILQVETMEE EINFMSEKFS DPKKFYTRFE KENDKIEEQE ENDKSSTLND
1201: KKDENTLEHT DSVGGDVKLL VKDESLVTLE AKASALEVMD LVLVSDVELS SNETLQCEES DGAKSTGDYL EDEPSTPTDV KVEEVNLQDE TFYIKEPKVA
1301: KLEDEMETNT EEKDKIIVVE VESPVKHLNL ETGENIKLED EKEMEVGHLN KSRGNEMEFL VKEDAKITEL AQTNLDIKNN ADQRAIQNIQ CINMDEAEFV
1401: TDDLKSDCLA MHADNVQRDA SLTKNIEESS ASLEGADDEK NNMADCRMEV GNTMSLQVVT MKEKTNFMLE NSSVQENDNT GFETLNDKRE EQVKNIKLNP
1501: LKDENNHNTF EHTYIIEGNV ELHVKDEKLV TLETEGSELE VMDTVLVSDA ELRLMEPPQC EEIDAMKSTG DFSESHCLIL EANVRNEPST STDDVVEAAD
1601: LQDETFYIEE PKEAKLADEN NKMVTVEMES LVKNLSLELL ESEKNVMLEY EKEMKVGHVG QSDENDVGLL VEEDAKKIKL EEADSDIKSN VDKKAFQILQ
1701: CEYMDEAKFG TVDSKSNYLA VHEDNVQREA SLTNNVQESS ASLDSADDEK NDIADCGMKE RNTMSLQVGM MEENTNFIQV QSSGLEKDCT RFEKLNDKRE
1801: EEEKNEKTNT LKEEKDHNTF EHTYSIGEGV ELLVKHENLV TLEAEGSVLE VMDTILVSHA KLRLMEPPQC EEIDAMKSTG DYLESYCTIL EANVQNKSST
1901: PTNFEVEVTD LQDETLYRGE PKASKLEDHS EPNTEENDKM VVVEVESPLK NVRLGSMETR EYITLEEKEM DVGHLGASSG NDFQFLEKED THKIELVEAD
2001: SSIMCNDDQK PIKKLQWEHM EEAKLGTTER SALEVMNSVL GSDVELSSIE TLQCEESDRA KLTRDYLECD CVIVEANVQD EPSTPTDVED EEVDLQDETS
2101: YIGEFKDAKL EDEKETISEE INKMVAVEVE SSVNKLCLET TENITLEDEK QMGVGHLDKS SGDEVFSVKE LTKKSELVHA NLDINNNSEQ KAIQNLQCIK
2201: IDEAELVAVD SKSDCLAVHA GNVEVDASMT KNIEESGACL EGADNSKNDV VDFRMKEGNN MSSQGETMEE KTNFMLEKYS VSEKDLKRSE KLNDVEEEQE
2301: ENDKTSTLKE EKDHNTFEHA YSIRGEVGLL MKDVTLVTLE VEGSALNILD SALVSDDALR LMETPQCEQS EGVKSTGNYL ESNCVTEEAN VDNKPSTPID
2401: VEVEVTNLQD QMLCIGEPKA AKLEDQNEPN TKENNKMVGV VVDSPEKHTS LETLETREHV TSEDEEEIDV GHLGESSGND TGFLDKEDTN KIELQEADSG
2501: IQCNDDQKPI KILLWEHMEE AELGTAEGST LEVTDSVLVS DVELSSIETV QCEESDGSKS TEDYFESDCM MEQANVQDES STPTYVEVEE VDLPDETSYI
2601: GDPNSAKLED EKQTVTEEND KMVIVKVESS VKNLSLEVAE NITLEDEKEM EVGNLGKSSG DEVFPVKEDA NITELAQAGS DIKKKSGQKA IQNLQRIEMD
2701: EAEFVTVDSK SDCLDLNSGS VQIDASLTEN IEESVASLEG ADNAKNVVVG CWMKEGNTMS MQVEMMEKTN FMHEKSSVPE NIYTIFEQMN DEGGEEEAKE
2801: KTNTLKDVKD HYTFDHTNSI GGEMELLVKD ENLVTLGAEG SALDFLDSVL MSDTELRFVE PLQYEESDGV ELTGDYSKID CVIVDANVHN EPSTPIDVEV
2901: EATDLQDETF YIGHPKVAKL EDENETNTKE NNKMVGVEVD SPLKNISLET MQTRKNVILE DEEEIEVDHL IESSGNEVGF IGGEVDLLVE DGNLVTLGAE
3001: ESALEVMDSV SVSYAELRSI KTFRCEESDG VKSTKDYLES DCMIVPSDVH YELSSPRNVE VEAVDLRDET FYIGETKAAK LEEKNETNTK EDDKMVLVEV
3101: ESPVKNEDKT DLVELESFVK NVSLETFGTE ENTMSEYVKE MEVEHFDESN ENDLGFLVKE DAQNIELEEI NSDKKSNADK MSIQILQLEH IDETEFGTDE
3201: SKSDCLSVHL GKLQRDSSGR NNVEESGASL DSANDEKIDM ADHGMKEGNV VSLQVDMMEV KTNFMPKKCT VPEKDYTGFE NLNDEGEEQE ENDKSNTLKD
3301: EKHHNTFELK DSAGEEVELR VKGENLVTLV TEGSALEVMD SILVSGVKLR LIEPLQCEES DGVELMEDYS ESDCMIENAN VNNESSTPID VEVETADIQD
3401: ETFYIGEPKT SKLEEGNKTN TEENDKIVVV EVEPPVNNLS SETLETRENI TTKDEEEMEV GHLNESSGIE VGFLVKEDTN KIKLLEADSN IKSNADKKDI
3501: QILQYEHTDE SEFGTNDPKS DSLFVHVDMV QRDASLGTNI EECGASLEAA DNEKKDMADC GMKEGNTTSL QVETMEEKTN LISKKSSVPE KVYTGFEKLN
3601: DEAKEQEGNN RSNTLEHGKD NNTFEHTNSI RGEVEWLEKD NNLVTLLTEG SALEVMDSVS VSDDELGSIE TLKCEESDGV KMTRDYLESD CLQVEATLKN
3701: EASTPTNVEV ETVDLQHDKF YKREPIATKL EDENETIVDE NTVFTEEGIP MENVSLKTIE TGEIIMSEDK EDNKVGHVEP SGNEAGLIEK EDANGIEFKN
3801: VESDIRSNAD QKDIQILHCE YVDKETNFTS KKFNKLEKVY IEFKKLNDEV EEEKNDKSNI PKEKEDRFTV GHTEESVHEV MQSVLVSDAD LRSIETLQCE
3901: ESNGVKSTGD YLESGCIIVE TNVCNEPLAP KDVEGEVVDL QDETFYIGEP KATKSEDHNE NNTEEEDKMV FAEVESPVKI DDEMVLADVE SPMKNVSLET
4001: LKTEENIMLE DEREKNTSEH TDLIRAEVEL LVIDENLVTL EAEGRTLEII KSVLISDAEL RSIETLQCED SDGAKSTENY SESDHLIVEA NVHIEPSIPT
4101: DVDVEVVDLQ DDTVYVGEPR DAKLVGENKT KMEEDDMMVL AEVESPVKNV SLETLEAEKD ILSEDKEHME VEHVQSHENE TGFIVKEVNK IEFEEADSDV
4201: RSDVDQKAIQ NFQFEHMDEA EFGIEDLNSD CLTMHEDKLQ RDASRGKNLE GSVASIESVD DDKNDKADCG MKEGNTISLQ VETTEHNTNF MSEKSNKPEK
4301: IHTGFEKLND EVEEQEENGK SNTLKDQKEN NTCEYTDSIG GEVNLLVIDE NLVTFEEERS VLEVIESFSV SDAELISIET LDCEQSEGVK LARDFSKSDW
4401: MIIEAKEYNE PSTQMDVEVE TVDLEDETFH VGELRASKSE HDNETIIEED DKLILADVES SVKNVTLETL ETEKNTMLED EEEMEVGHVV DSCENEVVCL
4501: VKEGGNKIEF EETIQIVQHV EEKTNFVPEK SSVPEKVFTE FEKLNDEVEE HVENDKNIIL KNKKGRNTFE HTNKIGGDIQ LLVKDKNLVT MEAERNELEV
4601: ANSVVVSDPE LRSIESFQCG ENDGMKLTRN YLESDCMILE TNVHEESSTS SDVEVEAVNL RDDTFHIRES TAAKLDDENK TNTENISVVM PNKLQKDVKL
4701: SLGKKIVSEI SQKPINEDVV LSSEQAMEGD KKIELDANIE GNIVRNDIEM VTHNCEICDN CANTMEEDTN GSSHNSPTHV MDSSNTLIYI IKEAITGDEE
4801: GIDSSILVTD LQHVASGSHG GNMCPKYFRS SESNSSSRTC ISSYNDTKME YNFTDMTVTK KDKKLHQKLE LITEKFLNLL SRMGANTMDF NLDHHHHKSS
4901: QQYHDNQKDL SFSCNILVLG KIGVGKSTVI NSIMGEEKNK INAFDGATTN VRLVSSVVDG IKVNIIDTPG LRTNVMDQGW NKKILSTVNS YTKKCPPDII
5001: LYVDRLDSWS NHFDDIPLLK TITTILGTSI WVNTVVTFTH ANSIPPDNSN GDPMTYETFI AQRSHIVQQS IQQATGDMCL INAFSFVENY LYCKRNCQGK
5101: KPKYQPKASI HHKGLKEDSS IEVDDYSEVC DDEYEYGQLP TLWPLMKAQF DELMKDKNKD ECAYHVKLIQ GMQFNGVTQG AHTWDHEYNF DGASLEKTLV
5201: LHKPTKCFEA TLVEFSKDMK KSRIHFNSSF RSKHVDDASH CLGYNIQNAW KKLAYCIWGE TTTKDTKHKT VGGLSVMFLG DTMLTGVKIE DYISVGESLA
5301: LLQDGVTHFL MLASTESGHW KEDCSFIHAN ELRLTCIIPM LT
Best Arabidopsis Sequence Match ( AT2G16640.1 )
(BLAST)
0001: MGDGTEFVVR SDREDKKLAE DRISDEQVVK NELVRSDEVR DDNEDEVFEE AIGSENDEQE EEEDPKRELF ESDDLPLVET LKSSMVEHEV EDFEEAVGDL
0101: DETSSNEGGV KDFTAVGESH GAGEAEFDVL ATKMNGDKGE GGGGGSYDKV ESSLDVVDTT ENATSTNTNG SNLAAEHVGI ENGKTHSFLG NGIASPKNKE
0201: VVAEVIPKDD GIEEPWNDGI EVDNWEERVD GIQTEQEVEE GEGTTENQFE KRTEEEVVEG EGTSKNLFEK QTEQDVVEGE GTSKDLFENG SVCMDSESEA
0301: ERNGETGAAY TSNIVTNASG DNEVSSAVTS SPLEESSSGE KGETEGDSTC LKPEQHLASS PHSYPESTEV HSNSGSPGVT SREHKPVQSA NGGHDVQSPQ
0401: PNKELEKQQS SRVHVDPEIT ENSHVETEPE VVSSVSPTES RSNPAALPPA RPAGLGRASP LLEPASRAPQ QSRVNGNGSH NQFQQAEDST TTEADEHDET
0501: REKLQLIRVK FLRLAHRLGQ TPHNVVVAQV LYRLGLAEQL RGRNGSRVGA FSFDRASAMA EQLEAAGQDP LDFSCTIMVL GKSGVGKSAT INSIFDEVKF
0601: CTDAFQMGTK RVQDVEGLVQ GIKVRVIDTP GLLPSWSDQA KNEKILNSVK AFIKKNPPDI VLYLDRLDMQ SRDSGDMPLL RTISDVFGPS IWFNAIVGLT
0701: HAASVPPDGP NGTASSYDMF VTQRSHVIQQ AIRQAAGDMR LMNPVSLVEN HSACRTNRAG QRVLPNGQVW KPHLLLLSFA SKILAEANAL LKLQDNIPGR
0801: PFAARSKAPP LPFLLSSLLQ SRPQPKLPEQ QYGDEEDEDD LEESSDSDEE SEYDQLPPFK SLTKAQMATL SKSQKKQYLD EMEYREKLLM KKQMKEERKR
0901: RKMFKKFAAE IKDLPDGYSE NVEEESGGPA SVPVPMPDLS LPASFDSDNP THRYRYLDSS NQWLVRPVLE THGWDHDIGY EGVNAERLFV VKEKIPISVS
1001: GQVTKDKKDA NVQLEMASSV KHGEGKSTSL GFDMQTVGKE LAYTLRSETR FNNFRRNKAA AGLSVTHLGD SVSAGLKVED KFIASKWFRI VMSGGAMTSR
1101: GDFAYGGTLE AQLRDKDYPL GRFLTTLGLS VMDWHGDLAI GGNIQSQVPI GRSSNLIARA NLNNRGAGQV SVRVNSSEQL QLAMVAIVPL FKKLLSYYYP
1201: QTQYGQ
Arabidopsis Description
TOC132Translocase of chloroplast 132, chloroplastic [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9SLF3]
SUBAcon: [cytosol]
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.