Subcellular Localization
min:
: max
Winner_takes_all: golgi, nucleus, cytosol
Predictor Summary:
Predictor Summary:
- nucleus 2
- mitochondrion 1
- golgi 1
- cytosol 1
| Predictors | GFP | MS/MS | Papers | ||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
PPI
No PPI Data
Homology
Paralog
| locus | Identity | Homology Identity |
|---|
Ortholog
| locus | Homology Species | Location | Identity | Homology Identity |
|---|---|---|---|---|
| CDY37005 | Canola | cytosol, golgi, nucleus | 88.69 | 88.69 |
| AT3G29100.3 | Thale cress | cytosol | 83.26 | 83.26 |
| CDY30250 | Canola | cytosol, golgi, nucleus | 83.26 | 83.26 |
| Bra040987.1-P | Field mustard | cytosol, golgi, nucleus | 82.35 | 82.35 |
| CDX74451 | Canola | cytosol, golgi, nucleus | 82.35 | 82.35 |
| KRH18448 | Soybean | endoplasmic reticulum | 75.57 | 75.57 |
| KRG93576 | Soybean | cytosol | 74.66 | 74.66 |
| Solyc03g115760.2.1 | Tomato | nucleus, plastid | 74.66 | 74.66 |
| PGSC0003DMT400050219 | Potato | cytosol | 73.76 | 73.76 |
| VIT_14s0108g01200.t01 | Wine grape | cytosol | 69.23 | 69.23 |
| KRH40042 | Soybean | cytosol | 61.99 | 60.35 |
| AT1G26670.1 | Thale cress | cytosol, golgi, nucleus | 60.18 | 59.91 |
| Bra025661.1-P | Field mustard | cytosol, golgi, mitochondrion, nucleus, plastid | 24.43 | 58.7 |
| CDX74445 | Canola | cytosol, golgi, mitochondrion, nucleus, plastid | 24.43 | 58.7 |
| CDX95233 | Canola | mitochondrion | 23.98 | 57.61 |
| AT5G39630.1 | Thale cress | cytosol | 48.42 | 51.69 |
Protein Annotations
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| ArrayExpress:AT5G39510 | EnsemblPlantsGene:AT5G39510 | RefSeq:AT5G39510 | TAIR:AT5G39510 | RefSeq:AT5G39510-TAIR-G | EnsemblPlants:AT5G39510.1 |
| TAIR:AT5G39510.1 | EMBL:AY070486 | EMBL:AY091707 | ProteinID:BAB11026.1 | GO:GO:0000149 | GO:GO:0000325 |
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| PO:PO:0025022 | PO:PO:0025195 | PO:PO:0025281 | PANTHER:PTHR21230 | PANTHER:PTHR21230:SF52 | UniProt:Q9SEL6 |
| InterPro:SNARE | SUPFAM:SSF47661 | SUPFAM:SSF58038 | TMHMM:TMhelix | UniParc:UPI0000138E49 | Symbol:VTI11 |
| InterPro:Vesicle_trsprt_v-SNARE_N | SEG:seg | InterPro:v-SNARE_N_sf | : | : | : |
Description
VTI11Vesicle transport v-SNARE 11 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9SEL6]
Coordinates
chr5:+:15821293..15823840
Molecular Weight (calculated)
24952.4 Da
IEP (calculated)
10.102
GRAVY (calculated)
-0.436
Length
221 amino acids
Sequence
(BLAST)
(BLAST)
001: MSDVFDGYER QYCELSASLS KKCSSAISLD GEQKKQKLSE IKSGLENAEV LIRKMDLEAR TLPPNLKSSL LVKLREFKSD LNNFKTEVKR ITSGQLNAAA
101: RDELLEAGMA DTKTASADQR ARLMMSTERL GRTTDRVKDS RRTMMETEEI GVSILQDLHG QRQSLLRAHE TLHGVDDNIG KSKKILTDMT RRMNKNKWTI
201: GAIIIALIAA IFIILYFKLT K
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Hydropathy Plot
About CropPAL
The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.