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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: plastid

Predictor Summary:
  • plastid 6
  • mitochondrion 2
  • cytosol 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:plastid
Any Predictor:cytosol, mitochondrion, plastid
BaCelLo:plastid
ChloroP:plastid
iPSORT:mitochondrion
MultiLoc:plastid
Predotar:mitochondrion
PProwler:plastid
TargetP:plastid
WoLF PSORT:plastid
YLoc:cytosol
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDY12655 Canola plastid 85.93 86.31
CDY51606 Canola plastid 85.82 86.2
Bra033991.1-P Field mustard plastid 85.71 86.09
Bra004081.1-P Field mustard plastid 86.04 85.95
CDY07417 Canola plastid 85.71 85.62
PGSC0003DMT400034472 Potato cytosol 35.22 72.26
CDY28879 Canola cytosol, endoplasmic reticulum, plastid 86.04 70.45
VIT_01s0010g02750.t01 Wine grape plastid 63.9 63.7
KRH42646 Soybean plastid 63.69 63.41
PGSC0003DMT400045047 Potato cytosol, plastid 60.2 60.66
Solyc05g014790.2.1 Tomato plastid 60.2 60.59
GSMUA_Achr6P28450_001 Banana plastid 55.29 58.28
AT1G17420.1 Thale cress cytosol, plastid 48.64 48.53
AT1G72520.1 Thale cress plastid 48.53 48.06
AT3G45140.1 Thale cress plastid 43.18 44.2
AT1G55020.1 Thale cress cytosol 40.24 42.96
AT3G22400.1 Thale cress cytosol 37.62 38.94
Protein Annotations
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InterPro:LipOase_Fe_BSInterPro:LipOase_plantInterPro:Lipoxygenase_dom_3RefSeq:NP_176923.1ProteinID:OAP12527.1PFAM:PF00305
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PO:PO:0020137PO:PO:0025022PO:PO:0025281PRINTS:PR00087PRINTS:PR00468ScanProsite:PS00081
ScanProsite:PS00711PFscan:PS50095PFscan:PS51393PANTHER:PTHR11771PANTHER:PTHR11771:SF60UniProt:Q9CAG3
SMART:SM00308SUPFAM:SSF48484SUPFAM:SSF49723UniParc:UPI00000A3468SEG:seg:
Description
LOX6Lipoxygenase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A178W1Z8]
Coordinates
chr1:+:25319804..25324581
Molecular Weight (calculated)
104521.0 Da
IEP (calculated)
8.004
GRAVY (calculated)
-0.463
Length
917 amino acids
Sequence
(BLAST)
001: MFVASPVKTN FNGVSLVKSP AFSALSCRKQ HRVPISRQVR AVISREEKAV DQEDGKKSTN KPLINSSQFP WQRSKYTGSK TVTAVVKIRK KIKEKLTERF
101: EHQLELFMKA IGQGMLIQLV SEEIDPETGK GRKSLESPVM GLPKAVKDPR YLVFTADFTV PINFGKPGAI LVTNLLSTEI CLSEIIIEDS TDTILFPANT
201: WIHSKNDNPQ ARIIFRSQPC LPSETPDGIK ELREKDLVSV RGDGKGERKP HERIYDYDVY NDLGDPRKTE RVRPVLGVPE TPYPRRCRTG RPLVSKDPPC
301: ESRGKEKEEF YVPRDEVFEE IKRDTFRAGR FKALFHNLVP SIAAALSNLD IPFTCFSDID NLYKSNIVLG HTEPKDTGLG GFIGGFMNGI LNVTETLLKY
401: DTPAVIKWDR FAWLRDNEFG RQALAGVNPV NIELLKELPI RSNLDPALYG PQESVLTEEI IAREVEHYGT TIEKALEEKR LFLVDYHDIL LPFVEKINSI
501: KEDPRKTYAS RTIFFYSKNG ALRPLAIELS LPPTAESENK FVYTHGHDAT THWIWKLAKA HVCSNDAGVH QLVNHWLRTH ASMEPYIIAT NRQLSTMHPV
601: YKLLHPHMRY TLEINARARK SLINGGGIIE SCFTPGKYAM ELSSAAYKSM WRFDMEGLPA DLVRRGMAEE DSSAECGVRL VIDDYPYAAD GLLIWKAIKD
701: LVESYVKHFY SDSKSITSDL ELQAWWDEIK NKGHYDKKDE PWWPKLNTTQ DLSQILTNMI WIASGQHAAI NFGQYPFGGY VPNRPTLLRK LIPQETDPDY
801: EMFMRNPQYS FLGSLPTQLQ ATKVMAVQET LSTHSPDEEY LIELREVQRH WFQDEQVVKY FNKFSEELVK IEKTINERNK DKKLKNRTGA GMPPYELLLP
901: TSPHGVTGRG IPNSISI
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.