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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: nucleus

Predictor Summary:
  • nucleus 3
  • cytosol 1
  • mitochondrion 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:nucleus
Any Predictor:cytosol, nucleus
BaCelLo:nucleus
MultiLoc:cytosol
PProwler:mitochondrion
WoLF PSORT:nucleus
YLoc:nucleus
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDX99082 Canola cytosol 80.99 91.3
CDX86107 Canola nucleus 91.09 91.23
Bra018181.1-P Field mustard nucleus 90.65 91.05
PGSC0003DMT400053716 Potato cytosol, mitochondrion 4.53 81.33
VIT_06s0004g05970.t01 Wine grape cytosol, endoplasmic reticulum, extracellular, golgi, plasma membrane, vacuole 60.5 74.57
KRG98348 Soybean cytosol 70.82 71.09
Solyc06g005990.2.1 Tomato cytosol 70.53 69.8
GSMUA_Achr9P03710_001 Banana cytosol 66.15 67.55
KXG29518 Sorghum cytosol 63.18 62.07
TraesCS6A01G133400.3 Wheat cytosol 62.81 61.89
TraesCS6B01G161800.5 Wheat nucleus 62.58 61.62
HORVU6Hr1G025670.1 Barley nucleus 62.44 61.52
Zm00001d015314_P003 Maize cytosol 62.95 60.06
AT1G59760.1 Thale cress cytosol, nucleus, plastid 26.06 35.53
AT2G06990.1 Thale cress nucleus 25.61 34.67
AT1G70070.1 Thale cress plastid 18.56 21.35
AT3G27730.2 Thale cress nucleus 10.76 12.69
AT1G20960.1 Thale cress cytosol 16.11 10.0
AT2G42270.1 Thale cress cytosol 16.04 9.94
AT5G61140.2 Thale cress plastid 14.4 8.99
AT4G32700.2 Thale cress nucleus 13.07 8.17
Protein Annotations
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PANTHER:PTHR12131:SF8SMART:SM00487SMART:SM00490SMART:SM01142SUPFAM:SSF52540InterPro:Ski2-like
InterPro:Ski2_CUniParc:UPI0001A7B087InterPro:rRNA_proc-arch_domSEG:seg::
Description
SKI2DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH11 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:F4JAA5]
Coordinates
chr3:-:17290873..17298222
Molecular Weight (calculated)
151192.0 Da
IEP (calculated)
5.982
GRAVY (calculated)
-0.382
Length
1347 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MNKVEAGNEL GFRVGFSGHG GHLRVEPFYT AERDDALNSL PDFVSPPAFA KETKESIKKH IEEKYLIPRL EPDQFSAEKA ENQWDFDWFS RVKMPLQPSL
0101: PRSVVVPTWE LPFRRQKEDT ENGAWEPKSV EVDLSEQMYG DQDSGFFPRM VGPPKDFLRG SVNNRPFRPG GLEDSQSSER VLPEGVSSGQ WVQELLNGGP
0201: AQTVPPSFKQ SLDLGDLMPY PQTWSVYEDH SSHGNASDEN SSKLSIQFDD LFKKAWEEDT FSELEGDDHT AGSESPKAEA EPDAKASISN EVSKGLETDV
0301: TVLDEILSSA KTAIMSEEAV TGSSDKQLRK EGWATKGDSQ DIADRFYELV PDMAIEFPFE LDNFQKEAIC CLEKGESVFV AAHTSAGKTV VAEYAFALAT
0401: KHCTRAVYTA PIKTISNQKY RDFCGKFDVG LLTGDVSIRP EASCLIMTTE ILRSMLYRGA DIIRDIEWVI FDEVHYVNDV ERGVVWEEVI IMLPRHINFV
0501: LLSATVPNTF EFADWIGRTK QKEIRVTGTT KRPVPLEHCL FYSGELYKVC ENEVFLSKGI KDAKDSQKKK NSNAVSVAPK QQMGSSAHQD GSKSQKHEAH
0601: SRGKQNKHSS VKDVGKSSYS GNSQNNGAFR RSAASNWLLL INKLSKMSLL PVVVFCFSKN YCDRCADALT GTDLTSSSEK SEIRVFCDKA FSRLKGSDRN
0701: LPQVLRLQSL LHRGIGVHHA GLLPIVKEVV EMLFCRGVIK VLFSTETFAM GVNAPARTVV FDALRKFDGK EFRQLLPGEY TQMAGRAGRR GLDKTGTVVV
0801: MCRDEVPDES DLRRVIVGSA TRLESQFRLT YIMILHLLRV EELKVEDMLK RSFAEFHAQK KLPEKQQLLM IKRSLPTKHI ECIKGEPAIE DYYDMYMEAN
0901: EYNNKMSEAV MQSPYAQSFL VQGRVVVMKS GMGIDNLLGI VLKGPSNTNR QYVVLVIKSE IPPPEKNMVS IGKKSSDPSQ GYFIAPKSKR GFEEEFYTKP
1001: SSRKGPVVIK IELPYHGVAA GVGYEVKGFD NKEFLCICDS KIKIDQVRLL EDGNKAAFSQ TVQQLLDLKS DGNKFPPALD PVKDLKLKDA ELVETYYKWT
1101: NLLQKMSMNK CHGCVKLEEH MKLAREIKKH KTDLKDLEFQ MSDEALLQMP AFQGRIDVLK NIGCIDDDLV VQIKGRVACE MNSGEELICT VCLFENQFEE
1201: LEPEEAVAIM SAFVFQQKNT SAPTLTPKLA KAKQRLYDTA IRLGELQAQY NLQIDPEEYA QENLKFGLVE VVYEWAKGTP FAEICELTDV PEGLIVRTIV
1301: RLDETCREFK NAAAIMGNSA LHKKMDAASN AIKRDIVFAA SLYVTGV
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.