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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: cytosol

Predictor Summary:
  • nucleus 2
  • cytosol 2
  • mitochondrion 1
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
Bra015322.1-P Field mustard cytosol 91.4 91.57
CDX89818 Canola cytosol 91.2 91.38
CDY15510 Canola plastid 91.2 86.73
CDY18239 Canola endoplasmic reticulum, plastid 90.44 85.84
AT2G33340.1 Thale cress cytosol 83.37 83.05
Bra030575.1-P Field mustard cytosol 84.51 77.0
CDX86629 Canola plastid 76.86 75.99
VIT_05s0049g01840.t01 Wine grape cytosol 75.72 75.57
KRG90340 Soybean nucleus 74.38 74.1
PGSC0003DMT400044280 Potato cytosol 73.61 73.9
Solyc09g090660.2.1 Tomato cytosol, nucleus 73.23 73.51
KRH33584 Soybean nucleus 73.61 73.33
GSMUA_Achr11P... Banana cytosol 71.51 71.1
PGSC0003DMT400075431 Potato cytosol 61.19 70.95
KXG38386 Sorghum cytosol 71.32 70.91
TraesCS1B01G165900.2 Wheat cytosol 71.13 70.59
HORVU1Hr1G039050.13 Barley cytosol 70.94 70.27
TraesCS1A01G148000.1 Wheat cytosol 71.13 69.92
TraesCS1D01G145900.2 Wheat cytosol 70.94 69.74
Os10t0466300-01 Rice nucleus 70.17 69.64
GSMUA_Achr8P12630_001 Banana cytosol 69.98 69.58
Zm00001d021987_P001 Maize cytosol 7.65 68.97
TraesCS4B01G341300.1 Wheat cytosol 68.45 68.19
TraesCS4D01G337200.1 Wheat cytosol 68.64 67.61
TraesCS5A01G510600.1 Wheat cytosol 68.07 67.04
HORVU4Hr1G083960.3 Barley plastid 68.07 60.75
Protein Annotations
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InterPro:WD40_repeat_domInterPro:WD40_repeat_dom_sfInterPro:Znf_RING/FYVE/PHD:::
Description
PRP19APre-mRNA-processing factor 19 homolog 1 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q94BR4]
Coordinates
chr1:+:1226483..1230947
Molecular Weight (calculated)
56869.1 Da
IEP (calculated)
6.614
GRAVY (calculated)
-0.308
Length
523 amino acids
Sequence
(BLAST)
001: MNCAISGEVP EEPVVSKKSG LLYEKRLIQT HISDYGKCPV TGEPHTLDDI VPIKTGKIVK PKPLHTASIP GLLGTFQTEW DSLMLSNFAL EQQLHTARQE
101: LSHALYQHDA ACRVIARLKK ERDESRQLLA EAERQLPAAP EVATSNAALS NGKRGIDDGE QGPNAKKMRL GISAEVITEL TDCNAALSQQ RKKRQIPKTL
201: ASVDALEKFT QLSSHPLHKT NKPGIFSMDI LHSKDVIATG GIDTTAVLFD RPSGQILSTL TGHSKKVTSI KFVGDTDLVL TASSDKTVRI WGCSEDGNYT
301: SRHTLKDHSA EVRAVTVHAT NKYFVSASLD STWCFYDLSS GLCLAQVTDA SENDVNYTAA AFHPDGLILG TGTAQSIVKI WDVKSQANVA KFGGHNGEIT
401: SISFSENGYF LATAALDGVR LWDLRKLKNF RTFDFPDANS VEFDHSGSYL GIAASDIRVF QAASVKAEWN PIKTLPDLSG TGKATSVKFG LDSKYIAVGS
501: MDRNLRIFGL PDDDNTEDSA QDS
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.