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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: cytosol

Predictor Summary:
  • nucleus 2
  • cytosol 3
  • mitochondrion 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:cytosol
Any Predictor:cytosol, mitochondrion, nucleus
BaCelLo:nucleus
MultiLoc:cytosol
Plant-mPloc:nucleus
PProwler:mitochondrion
WoLF PSORT:cytosol
YLoc:cytosol
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDY01069 Canola cytosol 91.93 91.93
CDY08485 Canola cytosol 67.98 91.55
Bra034802.1-P Field mustard cytosol 91.39 91.39
AT5G06600.1 Thale cress cytosol 91.39 91.31
Bra038685.1-P Field mustard cytosol 89.96 91.02
CDY53923 Canola cytosol 90.04 90.37
Bra001426.1-P Field mustard cytosol 89.6 89.84
CDX73847 Canola cytosol 87.89 89.33
VIT_08s0032g00600.t01 Wine grape cytosol 85.65 85.57
Solyc10g081610.1.1 Tomato cytosol, extracellular, nucleus 81.88 81.37
PGSC0003DMT400072539 Potato cytosol 81.7 81.19
Os07t0163800-01 Rice cytosol, plasma membrane 20.27 76.87
CDY72484 Canola cytosol 10.58 71.95
TraesCS3A01G176700.1 Wheat cytosol 5.65 32.31
AT5G52330.3 Thale cress cytosol 8.07 22.67
AT4G16045.1 Thale cress cytosol 6.82 19.9
AT3G49600.1 Thale cress cytosol 15.61 16.31
AT2G25330.1 Thale cress nucleus 9.96 16.02
AT5G43560.1 Thale cress nucleus 14.98 15.83
AT1G04300.3 Thale cress nucleus 14.44 14.88
AT2G25320.3 Thale cress nucleus, plastid 15.87 10.57
Protein Annotations
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ScanProsite:PS00972ScanProsite:PS00973PFscan:PS50144PFscan:PS50235PANTHER:PTHR24006PANTHER:PTHR24006:SF565
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InterPro:USP_domSEG:seg::::
Description
UBP13UBP13 [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A178VEE0]
Coordinates
chr3:-:3761054..3770489
Molecular Weight (calculated)
130656.0 Da
IEP (calculated)
5.268
GRAVY (calculated)
-0.660
Length
1115 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MTMMTPPPLD QQEDEEMLVP NPDLVEGPQP MEVAQTDPAA TAVENPPPED PPSLKFTWTI PMFTRLNTRK HYSDVFVVGG YKWRILIFPK GNNVDHLSMY
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0601: KQTPFQQFKE EVAKEFGVPV QLQRFWIWAK RQNHTYRPNR PLSPNEELQT VGQIREASNK ANNAELKLFL EIERGPDDLP IPPPEKTSED ILLFFKLYDP
0701: ENAVLRYVGR LMVKSSSKPM DIVGQLNKMA GFAPDEEIEL FEEIKFEPCV MCEQIDKKTS FRLCQIEDGD IICYQKPLSI EESEFRYPDV PSFLEYVQNR
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0901: TLKVAFHSAT KDEVIIHNIR LPKQSTVGDV INELKTKVEL SHQDAELRLL EVFFHKIYKI FPSTERIENI NDQYWTLRAE EIPEEEKNIG PNDRLIHVYH
1001: FTKEAGQNQQ VQNFGEPFFL VIHEGETLEE IKTRIQKKLH VPDEDFAKWK FASFSMGRPD YLLDTDVVYN RFQRRDVYGA WEQYLGLEHI DNAPKRAYAA
1101: NQNRHAYEKP VKIYN
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.