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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: cytosol

Predictor Summary:
  • nucleus 2
  • cytosol 2
  • mitochondrion 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:cytosol
Any Predictor:cytosol, nucleus
BaCelLo:nucleus
MultiLoc:cytosol
PProwler:mitochondrion
WoLF PSORT:cytosol
YLoc:nucleus
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDY35811 Canola nucleus 78.5 81.41
Bra002293.1-P Field mustard nucleus, plastid 78.5 81.41
CDX92469 Canola nucleus, plastid 78.44 81.3
VIT_11s0149g00120.t01 Wine grape cytosol 40.95 56.26
KRH03544 Soybean nucleus 52.82 54.95
KRH20103 Soybean nucleus 52.76 54.86
Solyc07g005030.2.1 Tomato cytosol 47.47 52.6
Zm00001d025830_P011 Maize cytosol, nucleus, plasma membrane 44.24 46.8
GSMUA_Achr9P22460_001 Banana cytosol, golgi, nucleus 36.84 46.0
OQU81938 Sorghum mitochondrion 44.71 45.71
TraesCS2D01G362700.1 Wheat nucleus 43.07 45.11
TraesCS2A01G364700.2 Wheat cytosol 43.01 45.1
Os04t0509300-02 Rice cytosol 43.65 44.84
HORVU2Hr1G088270.9 Barley endoplasmic reticulum 42.54 44.28
TraesCS2B01G383300.2 Wheat plastid 43.71 43.28
AT3G03300.1 Thale cress nucleus 25.68 31.48
PGSC0003DMT400019213 Potato cytosol, peroxisome, vacuole 6.7 28.22
AT4G15417.2 Thale cress mitochondrion 4.58 26.99
AT3G43920.2 Thale cress cytosol, nucleus, plastid 23.38 25.19
AT3G20420.1 Thale cress plastid 5.7 24.81
AT1G01040.2 Thale cress nucleus 26.44 23.56
AT5G45150.1 Thale cress cytosol 8.52 15.15
Protein Annotations
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Gene3D:3.30.160.380Gene3D:3.40.50.300EntrezGene:832154ProteinID:AED92830.1EMBL:AF296825ProteinID:ANM68314.1
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PFscan:PS51192PFscan:PS51194PFscan:PS51327PANTHER:PTHR14950PANTHER:PTHR14950:SF15InterPro:RNase_III_dom
InterPro:RNase_III_sfSMART:SM00358SMART:SM00487SMART:SM00490SMART:SM00535SMART:SM00949
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Description
DCL4Dicer-like protein 4 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P84634]
Coordinates
chr5:-:6859212..6869266
Molecular Weight (calculated)
191289.0 Da
IEP (calculated)
6.741
GRAVY (calculated)
-0.199
Length
1702 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MRDEVDLSLT IPSKLLGKRD REQKNCEEEK NKNKKAKKQQ KDPILLHTSA ATHKFLPPPL TMPYSEIGDD LRSLDFDHAD VSSDLHLTSS SSVSSFSSSS
0101: SSLFSAAGTD DPSPKMEKDP RKIARRYQVE LCKKATEENV IVYLGTGCGK THIAVMLIYE LGHLVLSPKK SVCIFLAPTV ALVEQQAKVI ADSVNFKVAI
0201: HCGGKRIVKS HSEWEREIAA NEVLVMTPQI LLHNLQHCFI KMECISLLIF DECHHAQQQS NHPYAEIMKV FYKSESLQRP RIFGMTASPV VGKGSFQSEN
0301: LSKSINSLEN LLNAKVYSVE SNVQLDGFVS SPLVKVYYYR SALSDASQST IRYENMLEDI KQRCLASLKL LIDTHQTQTL LSMKRLLKRS HDNLIYTLLN
0401: LGLWGAIQAA KIQLNSDHNV QDEPVGKNPK SKICDTYLSM AAEALSSGVA KDENASDLLS LAALKEPLFS RKLVQLIKIL SVFRLEPHMK CIIFVNRIVT
0501: ARTLSCILNN LELLRSWKSD FLVGLSSGLK SMSRRSMETI LKRFQSKELN LLVATKVGEE GLDIQTCCLV IRYDLPETVT SFIQSRGRAR MPQSEYAFLV
0601: DSGNEKEMDL IENFKVNEDR MNLEITYRSS EETCPRLDEE LYKVHETGAC ISGGSSISLL YKYCSRLPHD EFFQPKPEFQ FKPVDEFGGT ICRITLPANA
0701: PISEIESSLL PSTEAAKKDA CLKAVHELHN LGVLNDFLLP DSKDEIEDEL SDDEFDFDNI KGEGCSRGDL YEMRVPVLFK QKWDPSTSCV NLHSYYIMFV
0801: PHPADRIYKK FGFFMKSPLP VEAETMDIDL HLAHQRSVSV KIFPSGVTEF DNDEIRLAEL FQEIALKVLF ERGELIPDFV PLELQDSSRT SKSTFYLLLP
0901: LCLHDGESVI SVDWVTIRNC LSSPIFKTPS VLVEDIFPPS GSHLKLANGC WNIDDVKNSL VFTTYSKQFY FVADICHGRN GFSPVKESST KSHVESIYKL
1001: YGVELKHPAQ PLLRVKPLCH VRNLLHNRMQ TNLEPQELDE YFIEIPPELS HLKIKGLSKD IGSSLSLLPS IMHRMENLLV AIELKHVLSA SIPEIAEVSG
1101: HRVLEALTTE KCHERLSLER LEVLGDAFLK FAVSRHLFLH HDSLDEGELT RRRSNVVNNS NLCRLAIKKN LQVYIRDQAL DPTQFFAFGH PCRVTCDEVA
1201: SKEVHSLNRD LGILESNTGE IRCSKGHHWL YKKTIADVVE ALVGAFLVDS GFKGAVKFLK WIGVNVDFES LQVQDACIAS RRYLPLTTRN NLETLENQLD
1301: YKFLHKGLLV QAFIHPSYNR HGGGCYQRLE FLGDAVLDYL MTSYFFTVFP KLKPGQLTDL RSLSVNNEAL ANVAVSFSLK RFLFCESIYL HEVIEDYTNF
1401: LASSPLASGQ SEGPRCPKVL GDLVESCLGA LFLDCGFNLN HVWTMMLSFL DPVKNLSNLQ ISPIKELIEL CQSYKWDREI SATKKDGAFT VELKVTKNGC
1501: CLTVSATGRN KREGTKKAAQ LMITNLKAHE NITTSHPLED VLKNGIRNEA KLIGYNEDPI DVVDLVGLDV ENLNILETFG GNSERSSSYV IRRGLPQAPS
1601: KTEDRLPQKA IIKAGGPSSK TAKSLLHETC VANCWKPPHF ECCEEEGPGH LKSFVYKVIL EVEDAPNMTL ECYGEARATK KGAAEHAAQA AIWCLKHSGF
1701: LC
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.