Skip to main content
crop-pal logo
Sorghum
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: nucleus

Predictor Summary:
  • nucleus 4
  • plastid 2
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
Zm00001d037346_P007 Maize nucleus 80.7 85.7
HORVU7Hr1G041450.33 Barley nucleus 41.71 67.47
GSMUA_Achr6P02430_001 Banana cytosol 12.87 57.7
TraesCS7D01G206700.2 Wheat nucleus 46.11 55.42
KRH02187 Soybean nucleus 18.9 55.31
TraesCS7B01G110600.1 Wheat nucleus 46.06 55.12
TraesCS7A01G203600.1 Wheat nucleus 46.11 55.04
CDY14410 Canola nucleus 24.64 39.83
Solyc11g062010.1.1 Tomato nucleus 25.25 38.32
CDY07678 Canola nucleus 25.2 37.12
EES19009 Sorghum cytosol, endoplasmic reticulum, extracellular, golgi, plasma membrane, vacuole 9.04 32.48
EER97913 Sorghum cytosol 6.2 32.26
Bra000114.1-P Field mustard nucleus 25.72 31.79
KRH50934 Soybean nucleus 29.01 30.98
AT2G28290.5 Thale cress nucleus 26.51 30.01
EER93549 Sorghum cytosol 6.18 29.9
KXG32501 Sorghum nucleus 7.68 28.09
OQU93492 Sorghum cytosol 5.46 24.37
KXG33813 Sorghum nucleus 6.87 24.13
KXG26914 Sorghum nucleus 5.26 21.94
VIT_05s0020g02020.t01 Wine grape nucleus 14.36 21.73
KXG19483 Sorghum cytosol 6.65 20.32
OQU84199 Sorghum nucleus 10.03 19.14
KXG36860 Sorghum nucleus 8.01 18.76
OQU92590 Sorghum nucleus 6.5 18.72
OQU85588 Sorghum nucleus 7.68 15.34
KXG36264 Sorghum nucleus 8.06 14.66
Protein Annotations
MapMan:12.4.1.1.3Gene3D:3.40.50.10810Gene3D:3.40.50.300UniProt:A0A1W0VSE7ncoils:CoilGO:GO:0000166
GO:GO:0003674GO:GO:0005488GO:GO:0005515GO:GO:0005524GO:GO:0042393InterPro:HSA_dom
InterPro:Helicase_ATP-bdInterPro:Helicase_CInterPro:IPR001650InterPro:IPR014001InterPro:IPR014012InterPro:IPR038718
EnsemblPlants:OQU76185ProteinID:OQU76185ProteinID:OQU76185.1InterPro:P-loop_NTPasePFAM:PF00176PFAM:PF00271
PFAM:PF14619PFscan:PS51192PFscan:PS51194PFscan:PS51204PANTHER:PTHR10799PANTHER:PTHR10799:SF926
SMART:SM00487SMART:SM00490SMART:SM01314InterPro:SNF2-like_sfInterPro:SNF2_NEnsemblPlantsGene:SORBI_3010G105200
SUPFAM:SSF52540InterPro:SnACUniParc:UPI0009DC884FSEG:seg::
Description
hypothetical protein
Coordinates
chr10:+:9966296..9989098
Molecular Weight (calculated)
436087.0 Da
IEP (calculated)
4.595
GRAVY (calculated)
-0.678
Length
4047 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MASSQHASSQ MASSQHVEME AAKLLHKLIQ ESKDEPAKLA TKLYVICQHM KLSGKEQSLP YQVISRAMET VVNQHGIDMD ALRSSRIPFA GGPQAGDSSG
0101: AMSKDKEVIG NQSPMVGSDA SQTSGQAGLW QLPSGSTDMT RHGTSISGRL PTGPNRGDFS AAEIHQASMS QKSGRSSGIE SPASLQMEDT RSMNSHDSLK
0201: SDEKTSKKTS SKRKRMDSKG AGDLHSEDNS KSDAMSTGPN TRKGKQVGKA GRQGQPSMGI EHEQPHILQG GTAQVPPIHG GAPFLRTHPE GPSGRTMDKT
0301: KPSNPFSMAQ IPSFPEGLAS SGATIELQKS IQGGANLFNP SFGWNQNPQV PTLKNSQGSI PNLVRSGVTI EGKINVGAQG AFNSTSAPQM EFPTIPPYNP
0401: SSFGVSSQFL DKGKELASSS TGAELHSTSK VASQPGIPHG SPMQERQGII RVPQRADPSS LPSRSTGPSP MSHTSSNTPF KEQQLKQLRA QCLVFLAFRN
0501: NLQPRRVHLE IALGRGPPAE SDSAGQRGSE GRVSDALGKE NGSSRENSGV FCRQTDISRL PSTSAGSIAE VDSLLKDPEN ATKKIKVAEQ EKSLMEVENI
0601: QQASASSGMR SQETASQNPS GPQQSYFQGD TRRIASDIHR TDAENLSRNL SWGGQGSTVL GGTRQHLNQE TKESLPPSKS HHMPGDGFNS NIPGIDRTPE
0701: TAGAGNDVEN CSHVVDIVPE QAADDGDEDL PEHEDLLSSP PKHTMTEKWI LDYQKRIYNE RQKRASEQHK LHSRMSASYE KLKESVNSSE DLSAKTKSVI
0801: ELKKLQLLPL QRRVRSEFLL DFFKPNTTDL ERIKSLKKHR HGRRVKQLEK IEQKMKEERQ KRIRERQKEF FADIEAHREK LEDNFKAKRE RLKGFNRYAK
0901: EFHKRKERIH REKLDRIQRE KINLLKNNDV EGYLRMVQDA KSDRVKQLLR ETEKYLQKLG NKLQNAKSTD GRSSFVTDKS DAANDIEDES YQPQHYLESN
1001: EKYYQLAHSV KETVNDQPSY LQGGKLREYQ MNGLRWLVSL YNNNLNGILA DEMGLGKTVQ VISLLCYLME TKNDRGPFLV VVPSSVLPGW ESELSFWAPS
1101: INKIAYSGPP EERRKMFKEM IVHQKFNVLL TTYEYLMNKH DRPKLSKIQW HYIIIDEGHR IKNASCKLNA DLKLYRSSHR LLLTGTPLQN NLEELWALLN
1201: FLLPNIFNSS EDFSQWFNKP FESNGDNSPD EALLSEEENL LIINRLHQVL RPFVLRRLKH KVENELPEKI ERLVRCEPSA YQKLLMTRVE ENLGGIGAVK
1301: VRSVHNSVME LRNICNHPYL SQLHVEEIEG YLPKHFLPSI VRLCGKLEML DRLLPKLKAT GHRVLLFSTM TRLLDVMEDY LVWKKYKYLR LDGHTSGQER
1401: GALIDKFNDP NSQAFIFLLS IRAGGVGVNL QAADTVIIFD TDWNPQVDLQ AQARAHRIGQ KKEVLVLRLE TVRTVEEQVR ASAEHKLGVA NQSITAGFFD
1501: NNTSAEDRRE YLESLLRECK KEEAAPVLDD DALNDILARS EAEIDIFESI DKQRREEEMA IWQKVVQDGS TSGLDPAVLP SRLVTDDDLK PFCHAMKLYE
1601: PSSNVKTVKV NVRKKGELGG LDTQHYGRGK RAREVRSYED QWTEEEFEKL CQVDSPESPQ PGGMSKDLDI PNKGIKTEIA VESSKEPEQM RMEASPTVGD
1701: SPPAKRRRGR PKRSDVFLSP TADLTDAVKQ DTGTTQDGSL ATPASTFHSD TPATPIHSAA SDVNIHSISP ADIKKQEFST DTKPSSSVSV LEGSTANEIG
1801: TPLQSVHNVA APAPPHQSAR GRKSQAGETP RRRGRKPKSL SSSGVDDVSL NPTVSTGSGV ADTSYVSSYS HVNMPSSQGT AVALAGIQKD LVTVKLDTLL
1901: PDSGKNISPV NEDKGATVTT PVAKDICAGT VTTSDNTITL TPNTLKENIG LVQVASAPTM PMPVASEELL KTAAHVVVAD KPVEKQTASR RRRKKTSSSE
2001: DTGVSTRQRS AMKKSYYSTS VAIDEVGSAM TPNEKSGIEK ERDVSSIQDT PNQLPNINSP LYEKSGYDSQ PSTPIAVPIN EATLPSGFDT RTTHSKITLA
2101: TSANPADHDK PVDLHLNAPV SVDSQNHEQL KTGKDHLAVS SGIFSTQLQT VTANPTSDNK PGTTQFEPSA SSVQNSGKDA TALTSSEVDS AAPNKAPSRR
2201: RKGSTREPRT RRTSAAAASE RRARLTGSKQ AEDTKKLKMS ATPTTTVCVL AVEQQGAASL RAEVTNASVC EEQKNPGSHV SSDISIPVGS HVLGAISTEE
2301: TTATVITQTP AVAKSEERKL PVGDQQGIQF DSTVPQTKMV SNDESMQGTE VNNSEQTKIV SAAEPAPAND EHMQGTEVSN SEQTKMVSAA EPAPANDEHT
2401: QAIEVGSSEQ PTSMVSAVES APSNDEEHTT HEVYLETAAD DMLTSSAATD ILRDTVEHAA RQANAACTDG TTRQSEASQL DSKASHDASY KDTTTTVSTK
2501: DDSKASRDAS YILPSEGTAV DVTGSKQDDV NIVGTQTADA SRGSSSHFQA TLQSTESDWH PGQEENLESR KEQVKTEEAL DNSSGGNQTH SLGDEPSHDT
2601: SLARNSPLEY SNERCSAQVI GETFKSKENI VEVHSAMNTD GPDEALDALY VQSKEASITD SGVATDVDKF EGKETSVEVR DDMNTDGPED AQDALSTQSD
2701: KEASMVEFGV SNDGSPTVCK AHNDLEGHVS CEDRTGGDIH TNANYGSNNK SEDTIVNPVK TTREPLEEST VIVSENSDLN KQSHTLHTGN DPPASTLLIV
2801: ESNKVTCDAE IVCASRLESS CIEAETVAIQ ESAVTDFEGT KGTGDLGHKT GSPLCDDVHD TSCSVIGLVC EKEPTEDLTD GSHSEAPNLL AAVVQTRETT
2901: VANQEEIIDA VVFIDACKAE PDGDCTVAKG AEETVEMVHS VEKQSAVLEH VERQTKQTTI CGSVLNESPQ AAGLEEDCSV LKHGGPTASS ELLAVAPNPI
3001: SETSVIQAEP EATNSDGYCT TEVGSALSET VRGLEPNKET AVPMQEDIEE ANDTSNNCEA HNNSGIHAFG EVLMEMQSSE VKEVSFIQSG AANLSTQTPV
3101: LPDETGQTNV ASTAELVPTN DDEHMQGTDV NSEQQTKMVS PAESAPGNDE HMQDITVLSS ELQTKMVSAA EIDALCVQET AIVDLGGTRG TVDLNDISTQ
3201: VPALPGSDVL GVEAHNSEPK KASSPGDEII SSEQQAEIET IAETETVSVK ENAIADHEET GDQSGVSIHA PLLAESGEKG SHGVELCGIE IEANNSEQGK
3301: MVSTVEAAST PDDLGRHTHE VHVTGDGAIL SSAEQDTLQD NISSGADVDL TTSQRKTDSE EVVCAGKLES SGADAVGTVA VQEVPAVAGD RAGGIGVEGH
3401: CSEQVKMASV AEAASSLALV GYSSSEDSMV DAAARVADGD FADSKGAGVD CQETMPTQAT STLPENMDWQ NDSLAAAAVT VEPMFASSSE HAAESKPIDE
3501: TSVMQVELAT STGDECAAEG DNVVSSETVV ESEPVQETVV PSQGGSIEAN NTSTISEVNK DTESRASGEV CKDAQSHGGE SYTELQLAPS SGEEAMILCS
3601: ELPSQEVKEA PSSEPLGYNE NVKTENDSSS QEPVNEESAP GAENAKIDEA DTEQQLPPGQ QVKEAPSNPL GNNENVKMEN EASAQGPVNE ESAPRAENVK
3701: IDEADTEQLP PSGEAMVDIS SELLSHDEKV APSTVPLGND EDAHMEEASA AQRELSTEVA HGSENAKLSE AGTSGEAMVD VSSELLSQDE KVAPSTGPLG
3801: NDEDAQMEEA AAAQRELSTE VDHGSENVKL GEAGTELQLP PPSSGEALVD ISREQLSQEV QEVASSGPSG TDENTEMERL NTKHSPGGET SKLVGADPGI
3901: QLPPSGEAVV DISNEPPSCQ EVKEAPSSDS LGNDENSDTE KTAAALQGRL NTELAPSGEN TESNEADTGK QETPVSADAM VESSSEPPSD EAKEAPTTDL
4001: SGDDEKAKSA RAAVVAELFG DATEGGSDQP LPSPREQGKE AEADGDL
Best Arabidopsis Sequence Match ( AT2G28290.4 )
(BLAST)
0001: MTSSSHNIEL EAAKFLHKLI QDSKDEPAKL ATKLYVILQH MKTSGKENTM PYQVISRAMD TVVNQHGLDI EALKSSCLPH PGGTQTEDSG SAHLAGSSQA
0101: VGVSNEGKAT LVENEMTKYD AFTSGRQLGG SNSASQTFYQ GSGTQSNRSF DRESPSNLDS TSGISQPHNR SETMNQRDVK SSGKRKRGES SLSWDQNMDN
0201: SQIFDSHKID DQTGEVSKIE MPGNSGDIRN LHVGLSSDAF TTPQCGWQSS EATAIRPAIH KEPGNNVAGE GFLPSGSPFR EQQLKQLRAQ CLVFLALRNG
0301: LVPKKLHVEI ALRNTFREED GFRGELFDPK GRTHTSSDLG GIPDVSALLS RTDNPTGRLD EMDFSSKETE RSRLGEKSFA NTVFSDGQKL LASRIPSSQA
0401: QTQVAVSHSQ LTFSPGLTKN TPSEMVGWTG VIKTNDLSTS AVQLDEFHSS DEEEGNLQPS PKYTMSQKWI MGRQNKRLLV DRSWSLKQQK ADQAIGSRFN
0501: ELKESVSLSD DISAKTKSVI ELKKLQLLNL QRRLRSEFVY NFFKPIATDV EHLKSYKKHK HGRRIKQLEK YEQKMKEERQ RRIRERQKEF FGGLEVHKEK
0601: LEDLFKVRRE RLKGFNRYAK EFHKRKERLH REKIDKIQRE KINLLKINDV EGYLRMVQDA KSDRVKQLLK ETEKYLQKLG SKLKEAKLLT SRFENEADET
0701: RTSNATDDET LIENEDESDQ AKHYLESNEK YYLMAHSIKE NINEQPSSLV GGKLREYQMN GLRWLVSLYN NHLNGILADE MGLGKTVQVI SLICYLMETK
0801: NDRGPFLVVV PSSVLPGWQS EINFWAPSIH KIVYCGTPDE RRKLFKEQIV HQKFNVLLTT YEYLMNKHDR PKLSKIHWHY IIIDEGHRIK NASCKLNADL
0901: KHYVSSHRLL LTGTPLQNNL EELWALLNFL LPNIFNSSED FSQWFNKPFQ SNGESSAEEA LLSEEENLLI INRLHQVLRP FVLRRLKHKV ENELPEKIER
1001: LIRCEASAYQ KLLMKRVEDN LGSIGNAKSR AVHNSVMELR NICNHPYLSQ LHSEEVNNII PKHFLPPIVR LCGKLEMLDR MLPKLKATDH RVLFFSTMTR
1101: LLDVMEDYLT LKGYKYLRLD GQTSGGDRGA LIDGFNKSGS PFFIFLLSIR AGGVGVNLQA ADTVILFDTD WNPQVDLQAQ ARAHRIGQKK DVLVLRFETV
1201: NSVEEQVRAS AEHKLGVANQ SITAGFFDNN TSAEDRKEYL ESLLRESKKE EDAPVLDDDA LNDLIARRES EIDIFESIDK QRKENEMETW NTLVHGPGSD
1301: SFAHIPSIPS RLVTEDDLKL LYETMKLNDV PMVAKESTVG MKRKDGSMGG LDTHQYGRGK RAREVRSYEE KLTEEEFEKL CQTESPDSPQ GKGEGSERSL
1401: ANDTSNIPVE NSSDTLLPTS PTQAITVQPM EPVRPQSHTL KEETQPIKRG RGRPKRTDKA LTPVSLSAVS RTQATGNAIS SAATGLDFVS SDKRLEAASH
1501: PTSSLALTSP DLSGPPGFQS LPASPAPTPI RGRGRGRSRG RGAGRGRRVE GVLHGSNSSI TQRTETATSL ASDAEATKFA LPRSASEIVS RVPKANEGST
1601: SNPDQVSPVH SATTALRSDK AADKDLDAPP GFDSGSHVQT LNVLENSSER KAFAVKKRPL IQGVSSQHPG PNKQPLDLPV STSSTLLGGG PVQNQNAVSS
1701: VCDGSKSPSE GRTYTALQGV TTAPSDATLP MSSQPSDATL PMSSQPVGST VEAQEANVPS LPAALPAKRR VRNLPSRGET PKRQGKRRGQ PLPATDASSA
1801: RSTGLTPQIE VKVGNLSGTK AKFDAVAKEQ PHFSQSVAPD IHSSGSLSQE IRRDTSGTGG SARKQTADVT DVARVMKEIF SETSLLKHKV GEPSATTRTN
1901: VPDAQSPGEM NLHTVETHKA EDSSGLKNQE ALYNLSKADK LVSDIPHPVP GDLTTSGSVA NKDVDIGSSK VAAENELVKI PGGDVDSSVI QLSLGNTLTA
2001: KSSLEKCTAD QLLGEKLSQE GETTPASDGE TCHLAEETAS SLSYVRSEPT ASASTTAEPL PTDKLEKNIS FQDEVKTLNG DKREAILLSS EEQTNVNSKI
2101: ETNSEELQAS RTDEVPHVDG KSVDVANQTV KEDEAKHSVE IQSSMLEPDE LPNAGQKGHS SIDLQPLVLV TSNENAMSLD DKDYDPISKS ADIEQDPEES
2201: VFVQGVGRPK VGTADTQMED TNDAKLLVGC SVESEEKEKT LQSLIPGDDA DTEQDPEESV SDQRPKVGSA YTQMEDTDEA KLLMGCSVES EEKEKTLQSH
2301: IPGDDADTEK NPEESVSVQG VDRPKVGTTD TQMEDTNDAK LLVGCSVASE EKEKTLQSHI PGDDADTEQN PEESVSVQGV NRPKVGNANT QMEDTDEAKV
2401: LVGCSVESEE KEKTLQSHIP GDDADTEQNP EESVSNFDRP KDGTADTHME DIDDAKLLVG CSVESEEKEK SLQSHMPSDD AVLHAPFENT KDSKGDDLHG
2501: ESLVSCPTME VMEQKGFESE THARTDSGGI DRGNEVSENM SDGVKMNISS VQVPDASHDL NVSQDQTDIP LVGGIDPEHV QENVDVPASP HGAAPNIVIF
2601: QSEGHLSPSI LPDDVAGQLE SMSNDEKTNI SSEQVPDVSH DLKVSQDQTD IPPVGGIVPE NLQEIVDVPA SPHGVVPDVV VSQSEEIQSP SILPDDVPGQ
2701: PDDGNCEKMD TMQNNTSIDI GITSGKTCQP SSSTQPEDEN RNSLSHCEPS EVVEQRDSRD QVCIGSVESQ VEISSAILEN RSADIQPPQS ILVDQKDIEE
2801: SKEPGIESAD VSLHQLADIQ AEPSNLVDQM DIEESKEPGT ESADVSLHQL ADIQPGPSIL VDQMDTEKSK EPGTESADVS LHQLADIQPG PSILVDQMDT
2901: EKSKEPGTES ADVSLHQLAD IQPGPSILVD QMDTEEFKNP DVSLHQLADI EPSLSISAVQ KNIEDKDQSH VETAGSELVD VSAECSTEPQ VQLPPSSEPV
3001: GDMHVHLGAS KSEIVAEGTD FSSSLPKTEE ENAKSQLADT EPSSSLTAVQ KNIEDQVETA GCEFVVVSTG CSTEPQVQLP PSAEPVVAEG TEFPSSLLMT
3101: GVDNSSHLMT GVDNAKTHLA DVVPSSSPTT MEKNIEAQDQ DQVTTGGCGL VDVLTECSSE PQLQLPPSAE PVISEGTELA TLPLTEEENA DSQLANIEPS
3201: SSPSVVEKNI EAQDQDQVKT AGCELVSTGC SSEPQVHLPP SAEPDGDIHV HLKETEKSES MVVVGEGTAF PSSLPVTEEG NAESQLADTE PFTSPTVVEK
3301: NIKDQEQVET TGCGLVDDST GCSSEPQVQL PPSAEPMEVV QTNIEDQDQI ETGGCDLINV PSGCSTEPQI QLSSSAEPEE GMHIHLEAAM NSETVVTEGS
3401: ELPSSLPMTE DENADGQLAE VEPSVSLTVE QTNIEEKDHI ETAECELVDV SPGCSSQPEV KFPPSPDAVG GMDVHLETVV TEDTDSNSSL PKTEEKDAEN
3501: PSDRLDGESD GTTVATVEGT CVESNSLVAE ESNIEVPKDN EDV
Arabidopsis Description
SYDP-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A1P8B2X1]
SUBAcon: [nucleus]
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.