Skip to main content
crop-pal logo
Maize
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: nucleus

Predictor Summary:
  • nucleus 3
  • mitochondrion 1
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
OQU76185 Sorghum nucleus 85.7 80.7
HORVU7Hr1G041450.33 Barley nucleus 42.48 64.71
TraesCS7D01G206700.2 Wheat nucleus 46.73 52.9
GSMUA_Achr6P02430_001 Banana cytosol 12.46 52.6
TraesCS7B01G110600.1 Wheat nucleus 46.5 52.4
TraesCS7A01G203600.1 Wheat nucleus 46.55 52.33
KRH02187 Soybean nucleus 18.97 52.28
CDY14410 Canola nucleus 25.16 38.31
Solyc11g062010.1.1 Tomato nucleus 25.48 36.41
CDY07678 Canola nucleus 25.85 35.84
Zm00001d024816_P007 Maize cytosol 9.26 31.8
Zm00001d006798_P002 Maize nucleus 9.26 31.63
Zm00001d007978_P003 Maize cytosol 6.51 31.47
Bra000114.1-P Field mustard nucleus 26.19 30.47
KRH50934 Soybean nucleus 29.26 29.43
Zm00001d033827_P006 Maize cytosol 6.4 28.77
AT2G28290.5 Thale cress nucleus 26.87 28.64
Zm00001d009312_P028 Maize nucleus 7.82 26.37
Zm00001d040831_P021 Maize nucleus 7.74 26.34
Zm00001d048552_P005 Maize cytosol 5.69 24.0
VIT_05s0020g02020.t01 Wine grape nucleus 15.09 21.5
Zm00001d002656_P002 Maize nucleus 5.27 20.53
Zm00001d045109_P008 Maize cytosol 6.85 19.57
Zm00001d022405_P051 Maize nucleus 8.27 18.27
Zm00001d014977_P002 Maize nucleus 10.23 18.03
Zm00001d029180_P002 Maize nucleus 6.98 17.44
Zm00001d015595_P001 Maize cytosol 0.89 17.26
Zm00001d007089_P003 Maize nucleus 7.74 16.98
Zm00001d047471_P002 Maize nucleus 6.85 16.66
Zm00001d051507_P007 Maize nucleus 8.03 14.85
Zm00001d017660_P021 Maize nucleus 8.03 14.84
Zm00001d021541_P002 Maize nucleus 8.4 14.38
Zm00001d006428_P002 Maize nucleus 8.24 14.34
Protein Annotations
MapMan:12.4.1.1.3Gene3D:3.40.50.10810Gene3D:3.40.50.300UniProt:A0A1D6LWT4ProteinID:AQK83716.1ncoils:Coil
GO:GO:0000166GO:GO:0003674GO:GO:0005488GO:GO:0005515GO:GO:0005524GO:GO:0042393
InterPro:Helicase_ATP-bdInterPro:Helicase_CInterPro:IPR001650InterPro:IPR014001InterPro:IPR038718InterPro:P-loop_NTPase
PFAM:PF00176PFAM:PF00271PFAM:PF14619PFscan:PS51192PFscan:PS51194PANTHER:PTHR10799
PANTHER:PTHR10799:SF926SMART:SM00487SMART:SM00490SMART:SM01314InterPro:SNF2-like_sfInterPro:SNF2_N
SUPFAM:SSF52540InterPro:SnACUniParc:UPI000842EF7CEnsemblPlantsGene:Zm00001d037346EnsemblPlants:Zm00001d037346_P007EnsemblPlants:Zm00001d037346_T007
SEG:seg:::::
Description
splayed ATPase1Chromatin structure-remodeling complex protein SYD
Coordinates
chr6:+:122234832..122284355
Molecular Weight (calculated)
411928.0 Da
IEP (calculated)
4.753
GRAVY (calculated)
-0.627
Length
3811 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MASSQHVEME AAKLLHKLIQ ESKDEPAKLA TKLYVICQHM KLSGKEQSLP YQVISRAMET VVNQHGIDMD ALRSSRIPFA GGPQAGDSSG VMSKDKEVIG
0101: NQSPMVGSDA SQSSGQAGLW QLPSGSTDMI RHGASISGRV PTGPNRGDFS AADIHQGSMS QKSGRSSGIE SPASLQMEDT RSMNSHDSLK SDEKTSKKTS
0201: SKRKRMDSKG AGDLRSEDNS KSDVISTGQN TRKGKQVGKA GRQGQPSMGI EHEQQPHKLQ GGTGQVPPIH GGAPFLRTRS EGPSGRTMDK TKPSNPFSMG
0301: QIPNFPEGLA STGAPIELQK SIQGGASLFN PGFGWNQNPQ VQTLKNSQGS IHNLVRSGVT VEGKVNVGAQ GAFNSASAPQ MEFPTVPPYN PSSFGASSQF
0401: LDKGKELVSS IISTEPHSSK VASQPGISHG SPMQERQGMI RVPQRGEASF QERRPSSLPS RSTGPSPMSH ISSNTPFKEQ QLKQLRAQCL VFLAFRNNLQ
0501: PRKVHLEIAL GRGPPAESDS AGQRGSEGRV SDALGKENGS SRENSGVFCR QTDISRLPAT SAGSIAEDDS LSKDPENATK KIKLAEQEKS LMEVENVQQA
0601: SVMQGTSSEM RSQETASQNP YRPQQSYYQG DTRRIASDIH RTDAEILNQN LSWGGQGSTA LGGTRQLLNQ ETKESLAPSK SHHMPVDGYN SNIQGIDRTP
0701: EIAGAGNDVE NCSHVADIVP EQAADEGDED LSEHEDLLSS PKHTMTEKWI LDYQKRIYNE KQKRTLEQHK VHSRMSATYE ELKESVNSSE DLSAKTKSVI
0801: ELKKLQLLPL QRRVRSEFLL DFFKPNTSDL ERIKSLKKHR HGRRVKQLEK IEQKMKEERQ KRIRERQKEF FADIEAYREK LEDNFKDAKS DRVKQLLRET
0901: EKYLQKLGNK LQSAKSTDGR SSFVTDKSDT ANDIEDESYQ PQHYLESNEK YYQLAHSVKE TVNDQPSYLQ GGKLREYQMN GLRWLVSLYN NNLNGILADE
1001: MGLGKTVQVI SLICYLMETK NDRGPFLVVV PSSVLPGWES ELSFWAPSIN KIAYAGPPEE RRRMFKEMIV HQKFNVLLTT YEYLMNKHDR PKLSKIQWHY
1101: IIIDEGHRIK NASCKLNADL KLYRSSHRIL LTGTPLQNNL EELWALLNFL LPNIFNSSED FSQWFNKPFE SNGDNSPDEA LLSEEENLLI INRLHQVLRP
1201: FVLRRLKHKI IMKVLFYKVQ VENELPEKIE RLVRCEASAY QKLLMTRVEE NLGGIGAVKV RSVHNSVMEL RNICNHPYLS QLHVEEIEGY LPKHYLPSIL
1301: RLCGKLEMLD RLLPKLKATG HRVLLFSTMT RLLDVMEDYL VWKKYKYLRL DGHTSGHERG ALIDKFNDPN SQAFIFLLSI RAGGVGVNLQ AADTVIIFDT
1401: DWNPQVDLQA QARAHRIGQK KEVLVLRLET VRTVEEQVRA SAEHKLGVAN QSITAGFFDN NTSAEDRREY LESLLRESKK EEAAPVLDDD ALNDILARSE
1501: AEIDIFESID KQRREEEMAA WQKVVQDGST SGLDPGVLPS RLVTDDDLKP FCHAMKLYEP SNVKTVNVNV RKKGELGGLD TQHYGRGKRA REVRSYEDQW
1601: TEEEFEKLCQ ADSPESSQPG GMSKDLDILN KGIKTEILVE SSKEPEQTKM EASPTVGDSP PAKRRRGRPK RSDVFVSPTA GLTDAVKQDT GTTQDGSSAT
1701: PASTIHSDAP ATAINSAVSD VNIHSIPPAD TKKQEFSTDT KVSSSVSVLE GSVPNEIGTP LQSVHNVAVS APPHQSARGR KCQAGETPRR RGRKPKSLSS
1801: SGVDDVSLNP TFSTVSGVAD TSYVPSYSQV SSQGTAVALA GIQKDFVTVK LDTLLPDSGK GAPPVNEGDK GATVTTPVAK DICAGTVTTS DNTVTLTPNT
1901: LKENIGLVQV ASAPSMLVAS EELMKIAHVA VADKPVEKQT ASRRRRKKTS SSEDTGVSTR QRSAMKRSYY NTSVAVDDIG SAVIPNEKSG ITKERDVSSI
2001: QSTSNELPNI NSPLYEKSGY DSQPSTPIAV PINEDTLPSG FDTCTNSMIT LATSANSAED DKPVDLHLNA PVSVDSQNQE QHMTGKDHLA VCSRIFATQL
2101: QTDTANPAID HKPGTAQFEP SASLPQNSGK DATALPSEVD SAAPNRASSR RRKGSTREPR TRSNSASAAS ERRARLTGLK QAEDIKKLEM SATPTTTVCI
2201: SSVEQQGAAS LSAKITNASV SEGQKNPGNY MPSAISIPVG SHVLGLGATS IEETTATMIT QAPAVSKSER RKLPGGSQQG IQFESSASKT KMVSAVEPAP
2301: ANVECMQGTE VNSSEQTIVS ATEPAPANDE HMQEQPTNIV SSVESEPSND EEHTKHEVFL ATTGDNMLAS SAGTEILRDT VEHAACQPEA VCTDGTARQS
2401: ELSQLDRKAF HDASYKYTHG STKDDGILPS EGTSVDVTGS KQDDVNIVGT QTDDVSRGSS HFPVILQSTE SDRPPGQVKN LESRMEQVKT EEALVNSSGG
2501: NQTHSLGDEP SHNTSLARNS PSEHSNERCS DQVIGENFKS KENIVEVHSG INTDGPDEAL NALHTQSKEA SMTDIGVPTD GDRCEGKGTS VEVCADMNTD
2601: GPVATQDASS TKSDKESCMM ECGVSTDGCP TVCKTHNDLQ GHVSCEETFV RTGGDDTTHI TNANYGSNNE SEATIASPVE TTQKLMEGST VIVSENSDLN
2701: KQCHTLHTRN DPPANTLLIV ESNKVTCDAE IVCASRLESS GIEAETVGIQ ESALTDFEGT KGTGDLGDRT NSQLHDDVHG TSCSTIALVS EKEPSEDLTT
2801: GSHSEASNLL AAVEQTQETT VENQEIIDAV VFMDACKAEP VGDFTIAKGA EQTVEMVHYV DKQSAVLDYV ETQTKRTSVC GSTLNESPQA AGLEEDCSVL
2901: KHGDPTSSEL LTVAPNPIGE TSVIQVEPEA RNSDGYCTTE AGSALSETVM GLEPNKETAV PMQENIGEAN DNFNNCEAHN NSEIHAFEVS METQSSEVKE
3001: VSSIQSGAAN LSTQTTALPD VTGQTSMAST GELVSTNEHI HMQGTEINSE QQTKMVSPAE SAPANDEHVQ DIVILSSEQQ TKMVLAAEID ALCVQETAII
3101: DLGGARGTVD LNDIRTQVPA LPGRDVLDVE AHILEQKKTS SPGDEIKGSE QAKIESIAEI ETVGVKENVI ADHKETGNNS GVSIHAPLLV ESGQKASPGV
3201: ELRGIEVDAH VLEQAKMVSA LEPDSTPGTI FTDPPVTTLV TAESDKGTCD AEVCADKLEP SGADDVGMIV VQEAASVDDH NRAQGGEAHC SEQIKMASIA
3301: QAVSSMALVG YSSSEDSMVD AAARVTDADF VDSKAAGVYR QETMPTQTTS TLPENMDSPA TAATMVESKF AASSEHVAGP EPIDETSVMQ VELATSTGDG
3401: CAADGHNLVS SETVVEVKLA QEIVVPSPGG SIEANNTSTI SEVYKDTQSR ASGEACNDGQ SHGDENMKLG EAYTELQLAP SSGEEAMTCM CSELPSQEVE
3501: APSSDPLENN EETKNEAAAQ GSVNEDSAPR AENAKIDEAD TEQELLPSGE ATVDESSELL SQDEKVARKD AKMEESAAAA AAQRQLTTEV AHASENAKLG
3601: EDGTELQLPP PSMVDISREQ LSQEVEVASS GPSGTDETAE MKRLNTEHSP GDETSKLVGT DLGLQLSPSG DAMVDISNKP PSCQDVKEAP SSDILGNDEN
3701: SDTEKTPAAL HGRLNTELAP SGRNTEFSEA DTGKQETPVS AEAMVESSSE PRSHEAKEAP TPDLSGDDEK AKSARAAVVA ELFGDATEGG SDQPLPSPRE
3801: QGKEAEADGG F
Best Arabidopsis Sequence Match ( AT2G28290.2 )
(BLAST)
0001: MTSSSHNIEL EAAKFLHKLI QDSKDEPAKL ATKLYVILQH MKTSGKENTM PYQVISRAMD TVVNQHGLDI EALKSSCLPH PGGTQTEDSG SAHLAGSSQA
0101: VGVSNEGKAT LVENEMTKYD AFTSGRQLGG SNSASQTFYQ GSGTQSNRSF DRESPSNLDS TSGISQPHNR SETMNQRDVK SSGKRKRGES SLSWDQNMDN
0201: SQIFDSHKID DQTGEVSKIE MPGNSGDIRN LHVGLSSDAF TTPQCGWQSS EATAIRPAIH KEPGNNVAGE GFLPSGSPFR EQQLKQLRAQ CLVFLALRNG
0301: LVPKKLHVEI ALRNTFREED GFRGELFDPK GRTHTSSDLG GIPDVSALLS RTDNPTGRLD EMDFSSKETE RSRLGEKSFA NTVFSDGQKL LASRIPSSQA
0401: QTQVAVSHSQ LTFSPGLTKN TPSEMVGWTG VIKTNDLSTS AVQLDEFHSS DEEEGNLQPS PKYTMSQKWI MGRQNKRLLV DRSWSLKQQK ADQAIGSRFN
0501: ELKESVSLSD DISAKTKSVI ELKKLQLLNL QRRLRSEFVY NFFKPIATDV EHLKSYKKHK HGRRIKQLEK YEQKMKEERQ RRIRERQKEF FGGLEVHKEK
0601: LEDLFKVRRE RLKGFNRYAK EFHKRKERLH REKIDKIQRE KINLLKINDV EGYLRMVQDA KSDRVKQLLK ETEKYLQKLG SKLKEAKLLT SRFENEADET
0701: RTSNATDDET LIENEDESDQ AKHYLESNEK YYLMAHSIKE NINEQPSSLV GGKLREYQMN GLRWLVSLYN NHLNGILADE MGLGKTVQVI SLICYLMETK
0801: NDRGPFLVVV PSSVLPGWQS EINFWAPSIH KIVYCGTPDE RRKLFKEQIV HQKFNVLLTT YEYLMNKHDR PKLSKIHWHY IIIDEGHRIK NASCKLNADL
0901: KHYVSSHRLL LTGTPLQNNL EELWALLNFL LPNIFNSSED FSQWFNKPFQ SNGESSAEEA LLSEEENLLI INRLHQVLRP FVLRRLKHKV ENELPEKIER
1001: LIRCEASAYQ KLLMKRVEDN LGSIGNAKSR AVHNSVMELR NICNHPYLSQ LHSEEVNNII PKHFLPPIVR LCGKLEMLDR MLPKLKATDH RVLFFSTMTR
1101: LLDVMEDYLT LKGYKYLRLD GQTSGGDRGA LIDGFNKSGS PFFIFLLSIR AGGVGVNLQA ADTVILFDTD WNPQVDLQAQ ARAHRIGQKK DVLVLRFETV
1201: NSVEEQVRAS AEHKLGVANQ SITAGFFDNN TSAEDRKEYL ESLLRESKKE EDAPVLDDDA LNDLIARRES EIDIFESIDK QRKENEMETW NTLVHGPGSD
1301: SFAHIPSIPS RLVTEDDLKL LYETMKLNDV PMVAKESTVG MKRKDGSMGG LDTHQYGRGK RAREVRSYEE KLTEEEFEKL CQTESPDSPQ GKGEGSERSL
1401: ANDTSNIPVE NSSDTLLPTS PTQAITVQPM EPVRPQSHTL KEETQPIKRG RGRPKRTDKA LTPVSLSAVS RTQATGNAIS SAATGLDFVS SDKRLEAASH
1501: PTSSLALTSP DLSGPPGFQS LPASPAPTPI RGRGRGRSRG RGAGRGRRVE GVLHGSNSSI TQRTETATSL ASDAEATKFA LPRSASEIVS RVPKANEGST
1601: SNPDQVSPVH SATTALRSDK AADKDLDAPP GFDSGSHVQT LNVLENSSER KAFAVKKRPL IQGVSSQHPG PNKQPLDLPV STSSTLLGGG PVQNQNAVSS
1701: VCDGSKSPSE GRTYTALQGV TTAPSDATLP MSSQPSDATL PMSSQPVGST VEAQEANVPS LPAALPAKRR VRNLPSRGET PKRQGKRRGQ PLPATDASSA
1801: RSTGLTPQIE VKVGNLSGTK AKFDAVAKEQ PHFSQSVAPD IHSSGSLSQE IRRDTSGTGG SARKQTADVT DVARVMKEIF SETSLLKHKV GEPSATTRTN
1901: VPDAQSPGEM NLHTVETHKA EDSSGLKNQE ALYNLSKADK LVSDIPHPVP GDLTTSGSVA NKDVDIGSSK VAAENELVKI PGGDVDSSVI QLSLGNTLTA
2001: KSSLEKCTAD QLLGEKLSQE GETTPASDGE TCHLAEETAS SLSYVRSEPT ASASTTAEPL PTDKLEKNIS FQDEVKTLNG DKREAILLSS EEQTNVNSKI
2101: ETNSEELQAS RTDEVPHVDG KSVDVANQTV KEDEAKHSVE IQSSMLEPDE LPNAGQKGHS SIDLQPLVLV TSNENAMSLD DKDYDPISKS ADIEQDPEES
2201: VFVQGVGRPK VGTADTQMED TNDAKLLVGC SVESEEKEKT LQSLIPGDDA DTEQDPEESV SDQRPKVGSA YTQMEDTDEA KLLMGCSVES EEKEKTLQSH
2301: IPGDDADTEK NPEESVSVQG VDRPKVGTTD TQMEDTNDAK LLVGCSVASE EKEKTLQSHI PGDDADTEQN PEESVSVQGV NRPKVGNANT QMEDTDEAKV
2401: LVGCSVESEE KEKTLQSHIP GDDADTEQNP EESVSNFDRP KDGTADTHME DIDDAKLLVG CSVESEEKEK SLQSHMPSDD AVLHAPFENT KDSKGDDLHG
2501: ESLVSCPTME VMEQKGFESE THARTDSGGI DRGNEVSENM SDGVKMNISS VQVPDASHDL NVSQDQTDIP LVGGIDPEHV QENVDVPASP HGAAPNIVIF
2601: QSEGHLSPSI LPDDVAGQLE SMSNDEKTNI SSEQVPDVSH DLKVSQDQTD IPPVGGIVPE NLQEIVDVPA SPHGVVPDVV VSQSEEIQSP SILPDDVPGQ
2701: PDDGNCEKMD TMQNNTSIDI GITSGKTCQP SSSTQPEDEN RNSLSHCEPS EVVEQRDSRD QVCIGSVESQ VEISSAILEN RSADIQPPQS ILVDQKDIEE
2801: SKEPGIESAD VSLHQLADIQ AEPSNLVDQM DIEESKEPGT ESADVSLHQL ADIQPGPSIL VDQMDTEKSK EPGTESADVS LHQLADIQPG PSILVDQMDT
2901: EKSKEPGTES ADVSLHQLAD IQPGPSILVD QMDTEEFKNP DVSLHQLADI EPSLSISAVQ KNIEDKDQSH VETAGSELVD VSAECSTEPQ VQLPPSSEPV
3001: GDMHVHLGAS KSEIVAEGTD FSSSLPKTEE ENAKSQLADT EPSSSLTAVQ KNIEDQVETA GCEFVVVSTG CSTEPQVQLP PSAEPVVAEG TEFPSSLLMT
3101: GVDNSSHLMT GVDNAKTHLA DVVPSSSPTT MEKNIEAQDQ DQVTTGGCGL VDVLTECSSE PQLQLPPSAE PVISEGTELA TLPLTEEENA DSQLANIEPS
3201: SSPSVVEKNI EAQDQDQVKT AGCELVSTGC SSEPQVHLPP SAEPDGDIHV HLKETEKSES MVVVGEGTAF PSSLPVTEEG NAESQLADTE PFTSPTVVEK
3301: NIKDQEQVET TGCGLVDDST GCSSEPQVQL PPSAEPMEGG CDLINVPSGC STEPQIQLSS SAEPEEGMHI HLEAAMNSET VVTEGSELPS SLPMTEDENA
3401: DGQLAEVEPS VSLTVEQTNI EEKDHIETAE CELVDVSPGC SSQPEVKFPP SPDAVGGMDV HLETVVTEDT DSNSSLPKTE EKDAENPSDR LDGESDGTTV
3501: ATVEGTCVES NSLVAEESNI EVPKDNEDV
Arabidopsis Description
SYDP-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A1P8B2X1]
SUBAcon: [nucleus]
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.