Skip to main content
crop-pal logo
Soybean
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: nucleus

Predictor Summary:
  • nucleus 4
  • mitochondrion 1
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:nucleus
Any Predictor:mitochondrion, nucleus
BaCelLo:nucleus
MultiLoc:nucleus
PProwler:mitochondrion
WoLF PSORT:nucleus
YLoc:nucleus
nucleus: 21132161
msms PMID: 21132161 doi
B Cooper, KB Campbell, J Feng, WM Garrett, R Frederick
Soybean Genomics and Improvement Laboratory, USDA-ARS, Beltsville, MD 20705, USA. bret.cooper@ars.usda.gov
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
KRH02187 Soybean nucleus 35.0 95.88
GSMUA_Achr6P02430_001 Banana cytosol 15.18 63.68
CDY14410 Canola nucleus 29.82 45.15
Solyc11g062010.1.1 Tomato nucleus 31.43 44.66
CDY07678 Canola nucleus 30.38 41.88
HORVU7Hr1G041450.33 Barley nucleus 27.55 41.73
Bra000114.1-P Field mustard nucleus 31.51 36.46
AT2G28290.5 Thale cress nucleus 32.57 34.52
KRH27613 Soybean nucleus 9.61 34.24
KRH35559 Soybean nucleus 9.69 34.24
KRG91253 Soybean nucleus 9.58 33.83
KRH76800 Soybean cytosol 6.62 32.94
TraesCS7D01G206700.2 Wheat nucleus 29.06 32.7
TraesCS7B01G110600.1 Wheat nucleus 28.98 32.47
KRH28662 Soybean cytosol 6.52 32.37
TraesCS7A01G203600.1 Wheat nucleus 28.93 32.33
KRH50913 Soybean nucleus 8.31 29.77
KRH11241 Soybean nucleus 8.34 29.48
KRH21031 Soybean nucleus 8.29 29.43
Zm00001d037346_P007 Maize nucleus 29.43 29.26
KRH02212 Soybean nucleus 8.13 29.08
OQU76185 Sorghum nucleus 30.98 29.01
KRG89166 Soybean nucleus 5.38 27.13
KRH49484 Soybean nucleus 5.3 26.66
KRH75253 Soybean cytosol, nucleus, plastid 5.96 25.74
KRH05279 Soybean nucleus 2.96 24.72
VIT_05s0020g02020.t01 Wine grape nucleus 16.36 23.19
KRH73568 Soybean nucleus 5.65 21.97
KRH61691 Soybean nucleus 7.79 20.46
KRH52357 Soybean nucleus 7.73 20.35
KRH14560 Soybean nucleus 9.16 19.67
KRH48113 Soybean nucleus 11.43 19.45
KRH06623 Soybean nucleus 11.27 19.38
KRH00799 Soybean nucleus 11.24 19.17
KRH40427 Soybean nucleus 11.16 19.04
KRH33202 Soybean nucleus 7.13 18.51
KRG95191 Soybean nucleus 7.13 17.64
KRH66858 Soybean nucleus 7.13 17.62
KRH42374 Soybean nucleus 9.42 16.5
KRH58495 Soybean nucleus 9.82 15.93
KRH71872 Soybean nucleus 8.47 15.73
KRH38118 Soybean nucleus 8.47 15.67
Protein Annotations
EntrezGene:100815262MapMan:12.4.1.1.3Gene3D:3.40.50.10810Gene3D:3.40.50.300EMBL:ACUP02004720ncoils:Coil
EnsemblPlantsGene:GLYMA_07G252100GO:GO:0000166GO:GO:0003674GO:GO:0005488GO:GO:0005515GO:GO:0005524
GO:GO:0005575GO:GO:0005622GO:GO:0005623GO:GO:0005634GO:GO:0006139GO:GO:0006355
GO:GO:0008150GO:GO:0008152GO:GO:0009058GO:GO:0009987GO:GO:0042393InterPro:Gln-Leu-Gln_QLQ
InterPro:HSA_domInterPro:Helicase_ATP-bdInterPro:Helicase_CInterPro:IPR001650InterPro:IPR014001InterPro:IPR014012
InterPro:IPR014978InterPro:IPR038718UniProt:K7L3S3EnsemblPlants:KRH50934ProteinID:KRH50934ProteinID:KRH50934.1
InterPro:P-loop_NTPasePFAM:PF00176PFAM:PF00271PFAM:PF14619PFscan:PS51192PFscan:PS51194
PFscan:PS51204PANTHER:PTHR10799PANTHER:PTHR10799:SF926SMART:SM00487SMART:SM00490SMART:SM00951
SMART:SM01314InterPro:SNF2-like_sfInterPro:SNF2_NSUPFAM:SSF52540InterPro:SnACUniParc:UPI000295439C
SEG:seg:::::
Description
hypothetical protein
Coordinates
chr7:+:42958120..42982179
Molecular Weight (calculated)
410733.0 Da
IEP (calculated)
4.931
GRAVY (calculated)
-0.594
Length
3789 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MASSHNVELE AAKFLHKLIQ DSKDEPAKLA TKLYVILQHM KSSSKEHSMP YQVISRAMET VINQHGLDIE ALKSSRLPLT GGPQIGSSSQ SMNVTKDSRV
0101: SLAENEVSKM DPFASGRPPV APSGGAPDYY QGSVAQRSGQ SFDQGSPSSL DSRSANSQSQ DRRDTANWDK QVSQKDGKKA MTKRKRGDTS SPVELHVDSP
0201: SQLDPRNTGV NARKGKMTKA ESSDGLPVKS GELTNFNMAP NSGQLENISA LSGSMRTMLR ANQEGHHLLA KQTDLTKVGN LMVRAPNSKY AEDTEVSSAH
0301: IASGKQQGAY AKVHGGMAVP AGASSMVEAF SNSMQYGGAV ERDGGSSTTL ADGHKIAQVG RQNSGSEITM LRQGVPARDT GKPAMPFKEQ QLKQLRAQCL
0401: VFLAFRNGLA PKKLHLEIAL GTAFSREDGS RKDLIDHKGK SQSFNEPGNS SGVMMPFGGP SNVRQTDKNP LGSSSAGKIV EADSLSKGTE SPRTLEDKGN
0501: LHVTKRGEVE RRIQERVAAQ ASSATSCQQQ DSSSTRGAVV GNNHLDDVDT GNMQVGRSNQ SSVVGPNNWA GFAGANEASK GPPQVSTIQH ELPIERRENI
0601: PCQFQNVVNN CGSRNHNSVN QMSFSLKEQW KPVPGTDSDP HGATMMKDGN VMIKHVSTDG FKTVPLDNAS KHGISFATEQ DGNERLVSAD LPPSPKCTMT
0701: ERWIMDQQKK RLLVEQNWVL KQQKTKQRMA TSFYKLKENV SSSEDISAKT KSVIELKKLQ LLELQRRLRS DFLNDFFKPI ATEMEHLKSI KKHRHGRRVK
0801: QLERFELKMK EERQKRIRER QKEFFSEIEV HKEKLDDVFK IKRERWKGFN RYVKEFHKRK ERIHREKIDR IQREKINLLK INDVEGYLRM VQDAKSDRVK
0901: QLLKETEKYL QKLGSKLQEA KTAAGRFGQD VDETGNVSFL ENSETENVDE SDQAKHYMES NEKYYKMAHS IKESIAEQPS SLLGGKLREY QMNGLRWLVS
1001: LYNNHLNGIL ADEMGLGKTV QVISLICYLM EAKNDRGPFL VVVPSSVLPG WDSEINFWAP GVHKIVYAGP PEERRRLFKE RIVHQKFNVL LTTYEYLMNK
1101: HDRPKLSKIH WHYIIIDEGH RIKNASCKLN ADLKHYQSSH RLLLTGTPLQ NNLEELWALL NFLLPNIFNS SEDFSQWFNK PFESAGDSSP DEALLSEEEN
1201: LLIINRLHQV LRPFVLRRLK HKVENELPEK IERLIRCEAS SYQKLLMKRV EENLGSIGNS KARSVHNSVM ELRNICNHPY LSQLHAEEVD NFIPKHYLPP
1301: IIRLCGKLEM LDRLLPKLKA TDHRVLFFST MTRLLDVMEE YLTSKQYRYL RLDGHTSGGD RGALIELFNQ PGSPYFIFLL SIRAGGVGVN LQAADTVILF
1401: DTDWNPQVDL QAQARAHRIG QKRDVLVLRF ETVQTVEEQV RASAEHKLGV ANQSITAGFF DNNTSAEDRR EYLESLLREC KKEEVAPVLD DDALNDLLAR
1501: SETELDIFEA VDKKRKEDEL ATWKKLVLGQ AADGSDSDIP PLPARLVTDE DLKQFYEAMK ISDVPKAEVE SSGVKRKGGY IGGLDTQHYG RGKRAREVRS
1601: YEEQWTEEEF EKMCQVENPD SPNKVKEVAE KSCPTNTSSS VVSTSNSQPV AVPPVVPTLP AVESLPVVVQ QVKEITPPAK RGRGRPKRIT SDKSPAVVIS
1701: PVTSGTVEVD TQLQKGIGSG HLASSTPDSV AHSAEVVGVN APVQQSDPGV SPNSQPVIPM PSIPPNSQVA AVPVSVPIQA RGQGRKSHGG EGIRRRGKKQ
1801: VMTSSPIPAG SVVPDLKVNE KLEDTLVSPS SGQAISQSET VPSSAAVPHP PSASLSSGKD PVGVGIVLNS QAPPPLPSNT TLIQTAPTYP SVQMQSKGQN
1901: QKSQTGVSRR RGKKQATILA SVPDLLHQDL HQTANLPISS DSMSGEKATE LKSLQANNVQ ESKCVVQDQA SQSVGDQDLK SLGGSDDSSK QTVIMSSCED
2001: SMIKSPGQDL DEVKNPDAHD SSVKVVKSSE ITSSKIDEVC NNSGNETLLV TTVPVTEAIK DQHLGGKTHN QTVETSKTFP SVVDTSINSL TGNETTENIS
2101: KSLDPVTPKI VPSTLSTVYS STPGSESTHP GSIESMPTKR QGRKTQNRAE PPRRRGKKST AVLPVVPDAV TGQDPKLSHH AQNSSGDSLL GKATANVTQT
2201: QALEILLPCG VVSHDSNRKE RATNSTHNKQ QKVASTRIDG APISTDKISV HDVARVMKEV FSGTCIPKPK AHDSAGSEDR NAPVVPVLTK AAVDVTSNNQ
2301: SLKDKVYSDI AATGAACLTS NVAVNVNEKQ PEMASNMQNL EGKSCLDMPI TGEHNLTSDV KEKAEQMLHC VESSTTGCKI ALDTTLNAVQ KTDDSSERLP
2401: TSCALNDLNI DSSSHQMCSS SGAEPLAVID HKIKSQSDSL EKCSRSSPLD IGSMGCPPTP LEPDTFSNNP VTSQADTCTQ SHSSTNKPPV STELISNEKL
2501: ESLEPSLKSS SLACVDGSGF LVQTENLGDQ PQVIPSSPAT DLPPMTMIVS SISEHAEVKS ETESTLKASA ELSSDEGIVG YKVPSSQLLE TENRNPFGHN
2601: SQKVLEPSVK QCSESASEMK VPVSPKAVQV QKHPDALEPA DLHGTPLIES CPKSLCEEKK DDGNSICEPL QSCVVEPINI DPVSQENIVL PIPIENLKTD
2701: SSEACHMEMD TSDRLVLPQP SGLEAVGNDL VGISGVGSLV EGNKSEAAVL PPSTLKEEQN RGLAVTCTVR SSEPLEESME KGVANDSRVQ EEAKVDKVET
2801: DIQMDSSISQ TLQAKHEIFQ ENMNFPSHLM TKEENIEVSS SRPLSISSSP SHELKDSELE LGDKYISQVG DSQTGSEDNM LKRLDLVSSP SVTKEEVLSS
2901: TSDIDGSGGL STSLNVHQLV TVPDAVKSSS SQVREEEKIG VSSDSKLVVR SVSENDMEGT DLLPENPLLE INKMSSDSPM IISHSVKGRV SFVKEDNSVI
3001: KISDQMDASQ VSENNSERVT SKCMDVPSCF QMVEGDNVDM LSDKGPLCNS LAPSEPRDPL IENSSDGIED SIPNPLPQQK SECSESEKVD EVKTSDVVRV
3101: DPGLMSKNTD LPSSLVMEQD KADASYDSPL AAAEPKYCLT GENCEDANEE PNPSEAEIGN EMDASDVAGI NTQLSSSNNI VPSSFLMTKD DKIVVSSDNG
3201: PQCSVQVLKG SEDCQTEGSC KDATEGPSTN PVLLQELIIN SEAETCNEGK TQVRLSVEDV TASGGKREVE TLSDEGPQGI LEAQDGSRGL ADFEEGADSK
3301: SCAAEMGNVS EVPKPSVSAE KVERILEAQD GSRGLSDVEE GTDSKSCAAE MGNLSEVPKL SVSAEKVEGI LESRDGSRGL SDIEEGTDTK GCAAEMGNLS
3401: EVPKPSVSAE KVEGILESRD GSRGLADIED GTDSKSCAAQ MENVSEVPKP SVSAVKGEEI LEAQDGSRGL SDIEEGTCSK SCAAEMGNLS EVPKPSVSAE
3501: KVEGILESQD GSRGLADIED GTDSKSCAAE MGNVSEVPKP SVSAVKGEGI LEAQDGSRGL SDIEEGTDSK SCAAEMGNVS EVPKSSVSAE KVEGILESQD
3601: GSRGLADIED GTDSKSCAAE MENVSEVPKP LVSVEKVEGL SKEGIVGSQA IVQVSEESET VTGDGIDVTP DCLAVPETVS NDGASSLCSS AAGSEHVDSL
3701: SEKDLVGNSV AELYTKESEA GVSDQENQVV QENAMEDMEH EYLSEKDLVG NTAAKLDTKE SEAGVSNQER QENELDIEKS PPSAAEGSS
Best Arabidopsis Sequence Match ( AT2G28290.5 )
(BLAST)
0001: MTSSSHNIEL EAAKFLHKLI QDSKDEPAKL ATKLYVILQH MKTSGKENTM PYQVISRAMD TVVNQHGLDI EALKSSCLPH PGGTQTEDSG SAHLAGSSQA
0101: VGVSNEGKAT LVENEMTKYD AFTSGRQLGG SNSASQTFYQ GSGTQSNRSF DRESPSNLDS TSGISQPHNR SETMNQRDVK SSGKRKRGES SLSWDQNMDN
0201: SQIFDSHKID DQTGEVSKIE MPGNSGDIRN LHVGLSSDAF TTPQCGWQSS EATAIRPAIH KEPGNNVAGE GFLPSGSPFR EQQLKQLRAQ CLVFLALRNG
0301: LVPKKLHVEI ALRNTFREED GFRGELFDPK GRTHTSSDLG GIPDVSALLS RTDNPTGRLD EMDFSSKETE RSRLGEKSFA NTVFSDGQKL LASRIPSSQA
0401: QTQVAVSHSQ LTFSPGLTKN TPSEMVGWTG VIKTNDLSTS AVQLDEFHSS ADEEEGNLQP SPKYTMSQKW IMGRQNKRLL VDRSWSLKQQ KADQAIGSRF
0501: NELKESVSLS DDISAKTKSV IELKKLQLLN LQRRLRSEFV YNFFKPIATD VEHLKSYKKH KHGRRIKQLE KYEQKMKEER QRRIRERQKE FFGGLEVHKE
0601: KLEDLFKVRR ERLKGFNRYA KEFHKRKERL HREKIDKIQR EKINLLKIND VEGYLRMVQD AKSDRVKQLL KETEKYLQKL GSKLKEAKLL TSRFENEADE
0701: TRTSNATDDE TLIENEDESD QAKHYLESNE KYYLMAHSIK ENINEQPSSL VGGKLREYQM NGLRWLVSLY NNHLNGILAD EMGLGKTVQV ISLICYLMET
0801: KNDRGPFLVV VPSSVLPGWQ SEINFWAPSI HKIVYCGTPD ERRKLFKEQI VHQKFNVLLT TYEYLMNKHD RPKLSKIHWH YIIIDEGHRI KNASCKLNAD
0901: LKHYVSSHRL LLTGTPLQNN LEELWALLNF LLPNIFNSSE DFSQWFNKPF QSNGESSAEE ALLSEEENLL IINRLHQVLR PFVLRRLKHK VENELPEKIE
1001: RLIRCEASAY QKLLMKRVED NLGSIGNAKS RAVHNSVMEL RNICNHPYLS QLHSEEVNNI IPKHFLPPIV RLCGKLEMLD RMLPKLKATD HRVLFFSTMT
1101: RLLDVMEDYL TLKGYKYLRL DGQTSGGDRG ALIDGFNKSG SPFFIFLLSI RAGGVGVNLQ AADTVILFDT DWNPQVDLQA QARAHRIGQK KDVLVLRFET
1201: VNSVEEQVRA SAEHKLGVAN QSITAGFFDN NTSAEDRKEY LESLLRESKK EEDAPVLDDD ALNDLIARRE SEIDIFESID KQRKENEMET WNTLVHGPGS
1301: DSFAHIPSIP SRLVTEDDLK LLYETMKLND VPMVAKESTV GMKRKDGSMG GLDTHQYGRG KRAREVRSYE EKLTEEEFEK LCQTESPDSP QGKGEGSERS
1401: LANDTSNIPV ENSSDTLLPT SPTQAITVQP MEPVRPQSHT LKEETQPIKR GRGRPKRTDK ALTPVSLSAV SRTQATGNAI SSAATGLDFV SSDKRLEAAS
1501: HPTSSLALTS PDLSGPPGFQ SLPASPAPTP IRGRGRGRSR GRGAGRGRRV EGVLHGSNSS ITQRTETATS LASDAEATKF ALPRSASEIV SRVPKANEGS
1601: TSNPDQVSPV HSATTALRSD KAADKDLDAP PGFDSGSHVQ TLNVLENSSE RKAFAVKKRP LIQGVSSQHP GPNKQPLDLP VSTSSTLLGG GPVQNQNAVS
1701: SVCDGSKSPS EGRTYTALQG VTTAPSDATL PMSSQPSDAT LPMSSQPVGS TVEAQEANVP SLPAALPAKR RVRNLPSRGE TPKRQGKRRG QPLPATDASS
1801: ARSTGLTPQI EVKVGNLSGT KAKFDAVAKE QPHFSQSVAP DIHSSGSLSQ EIRRDTSGTG GSARKQTADV TDVARVMKEI FSETSLLKHK VGEPSATTRT
1901: NVPDAQSPGE MNLHTVETHK AEDSSGLKNQ EALYNLSKAD KLVSDIPHPV PGDLTTSGSV ANKDVDIGSS KVAAENELVK IPGGDVDSSV IQLSLGNTLT
2001: AKSSLEKCTA DQLLGEKLSQ EGETTPASDG ETCHLAEETA SSLSYVRSEP TASASTTAEP LPTDKLEKNI SFQDEVKTLN GDKREAILLS SEEQTNVNSK
2101: IETNSEELQA SRTDEVPHVD GKSVDVANQT VKEDEAKHSV EIQSSMLEPD ELPNAGQKGH SSIDLQPLVL VTSNENAMSL DDKDYDPISK SADIEQDPEE
2201: SVFVQGVGRP KVGTADTQME DTNDAKLLVG CSVESEEKEK TLQSLIPGDD ADTEQDPEES VSDQRPKVGS AYTQMEDTDE AKLLMGCSVE SEEKEKTLQS
2301: HIPGDDADTE KNPEESVSVQ GVDRPKVGTT DTQMEDTNDA KLLVGCSVAS EEKEKTLQSH IPGDDADTEQ NPEESVSVQG VNRPKVGNAN TQMEDTDEAK
2401: VLVGCSVESE EKEKTLQSHI PGDDADTEQN PEESVSNFDR PKDGTADTHM EDIDDAKLLV GCSVESEEKE KSLQSHMPSD DAVLHAPFEN TKDSKGDDLH
2501: GESLVSCPTM EVMEQKGFES ETHARTDSGG IDRGNEVSEN MSDGVKMNIS SVQVPDASHD LNVSQDQTDI PLVGGIDPEH VQENVDVPAS PHGAAPNIVI
2601: FQSEGHLSPS ILPDDVAGQL ESMSNDEKTN ISSEQVPDVS HDLKVSQDQT DIPPVGGIVP ENLQEIVDVP ASPHGVVPDV VVSQSEEIQS PSILPDDVPG
2701: QPDDGNCEKM DTMQNNTSID IGITSGKTCQ PSSSTQPEDE NRNSLSHCEP SEVVEQRDSR DQVCIGSVES QVEISSAILE NRSADIQPPQ SILVDQKDIE
2801: ESKEPGIESA DVSLHQLADI QAEPSNLVDQ MDIEESKEPG TESADVSLHQ LADIQPGPSI LVDQMDTEKS KEPGTESADV SLHQLADIQP GPSILVDQMD
2901: TEKSKEPGTE SADVSLHQLA DIQPGPSILV DQMDTEEFKN PDVSLHQLAD IEPSLSISAV QKNIEDKDQS HVETAGSELV DVSAECSTEP QVQLPPSSEP
3001: VGDMHVHLGA SKSEIVAEGT DFSSSLPKTE EENAKSQLAD TEPSSSLTAV QKNIEDQVET AGCEFVVVST GCSTEPQVQL PPSAEPVVAE GTEFPSSLLM
3101: TGVDNSSHLM TGVDNAKTHL ADVVPSSSPT TMEKNIEAQD QDQVTTGGCG LVDVLTECSS EPQLQLPPSA EPVISEGTEL ATLPLTEEEN ADSQLANIEP
3201: SSSPSVVEKN IEAQDQDQVK TAGCELVSTG CSSEPQVHLP PSAEPDGDIH VHLKETEKSE SMVVVGEGTA FPSSLPVTEE GNAESQLADT EPFTSPTVVE
3301: KNIKDQEQVE TTGCGLVDDS TGCSSEPQVQ LPPSAEPMEG THMHLEETKK SETVVTEIQL ADIDPSFSLI VVQTNIEDQD QIETGGCDLI NVPSGCSTEP
3401: QIQLSSSAEP EEGMHIHLEA AMNSETVVTE GSELPSSLPM TEDENADGQL AEVEPSVSLT VEQTNIEEKD HIETAECELV DVSPGCSSQP EVKFPPSPDA
3501: VGGMDVHLET VVTEDTDSNS SLPKTEEKDA ENPSDRLDGE SDGTTVATVE GTCVESNSLV AEESNIEVPK DNEDV
Arabidopsis Description
SYDP-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A1P8B2X1]
SUBAcon: [nucleus]
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.