Skip to main content
crop-pal logo
Field mustard
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: nucleus

Predictor Summary:
  • nucleus 5
  • mitochondrion 1
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDY14410 Canola nucleus 73.01 95.53
CDY07678 Canola nucleus 72.86 86.83
GSMUA_Achr6P02430_001 Banana cytosol 16.12 58.47
KRH02187 Soybean nucleus 23.88 56.54
AT2G28290.5 Thale cress nucleus 53.92 49.4
Solyc11g062010.1.1 Tomato nucleus 31.82 39.07
HORVU7Hr1G041450.33 Barley nucleus 28.79 37.69
Bra012099.1-P Field mustard cytosol 7.63 32.43
Bra040237.1-P Field mustard nucleus 10.69 31.82
KRH50934 Soybean nucleus 36.46 31.51
TraesCS7D01G206700.2 Wheat nucleus 31.08 30.23
TraesCS7B01G110600.1 Wheat nucleus 31.05 30.07
TraesCS7A01G203600.1 Wheat nucleus 30.93 29.88
Bra040221.1-P Field mustard nucleus 8.79 27.45
Bra002173.1-P Field mustard nucleus 8.79 27.07
Bra020751.1-P Field mustard nucleus 8.67 26.97
Bra017422.1-P Field mustard cytosol 6.2 26.64
Bra023689.1-P Field mustard nucleus 8.89 26.43
Zm00001d037346_P007 Maize nucleus 30.47 26.19
OQU76185 Sorghum nucleus 31.79 25.72
VIT_05s0020g02020.t01 Wine grape nucleus 17.92 21.95
Bra004881.1-P Field mustard nucleus 4.24 21.48
Bra037150.1-P Field mustard nucleus 7.69 21.02
Bra011311.1-P Field mustard nucleus 7.73 20.84
Bra007814.1-P Field mustard nucleus 8.06 19.34
Bra037208.1-P Field mustard nucleus 9.62 18.68
Bra000409.1-P Field mustard plastid 11.42 17.3
Bra039296.1-P Field mustard plastid 11.08 16.99
Bra014632.1-P Field mustard cytosol 7.82 16.91
Bra007318.1-P Field mustard nucleus 7.27 15.91
Bra034727.1-P Field mustard nucleus 9.53 15.45
Bra027574.1-P Field mustard nucleus 9.62 14.18
Protein Annotations
MapMan:12.4.1.1.3Gene3D:3.40.50.10810Gene3D:3.40.50.300EnsemblPlantsGene:Bra000114EnsemblPlants:Bra000114.1EnsemblPlants:Bra000114.1-P
ncoils:CoilGO:GO:0000166GO:GO:0003674GO:GO:0005488GO:GO:0005515GO:GO:0005524
GO:GO:0005575GO:GO:0005622GO:GO:0005623GO:GO:0005634GO:GO:0006139GO:GO:0006355
GO:GO:0008150GO:GO:0008152GO:GO:0009058GO:GO:0009987GO:GO:0042393InterPro:Gln-Leu-Gln_QLQ
InterPro:HSA_domInterPro:Helicase_ATP-bdInterPro:Helicase_CInterPro:IPR001650InterPro:IPR014001InterPro:IPR014012
InterPro:IPR014978InterPro:IPR038718UniProt:M4C7D6InterPro:P-loop_NTPasePFAM:PF00176PFAM:PF00271
PFAM:PF14619PFscan:PS51192PFscan:PS51194PFscan:PS51204PANTHER:PTHR10799PANTHER:PTHR10799:SF926
SMART:SM00487SMART:SM00490SMART:SM00951SMART:SM01314InterPro:SNF2-like_sfInterPro:SNF2_N
SUPFAM:SSF52540InterPro:SnACUniParc:UPI0002540177SEG:seg::
Description
AT2G28290 (E=0.0) SYD, CHR3 | SYD (SPLAYED); ATPase/ chromatin binding
Coordinates
chrA03:-:9314344..9329115
Molecular Weight (calculated)
356710.0 Da
IEP (calculated)
4.510
GRAVY (calculated)
-0.749
Length
3275 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MSSSSHNIEL EAAKFLHKLI QDSKDEPSKL ATKLYVILQH MKTSGKEHSM PYQVISRAME TVVNQHGLDI EALTSPRLPH AGGSSTQMED SGSAHIAGSS
0101: QVVRVNNESK ASLVENEMSK YDAFTSARQL GGSTSASQAV YQGPGSRSNR SFDHDSPSSL DSKPGNAQSH DRNETMNQRD AKSSAKRKRG ESSFSWDQNM
0201: DNSQQFDTHG TVDDQTRKMS KVEMPATGDG ENLHVGLSSD AYTTPQGGWQ NSEITAIRPP AHRDTGKSVA AEDVPPSGQL FKEQQLKQLR AQCLVFLALR
0301: NGLMPKKLHI DIALGNVFPK DDGFRRELVD QKGRPHSLSE SGSIVEVSAP SARMDNPTGK LAEMDFSSKE TVMPRLEDKI SNAIFPDGQK LLLQSNTPEA
0401: PAQNQVSGSH SELASSSGGV TKHAPVEMVG WTGTINRNDA STFTFESDEL CAPDQEEGNM QPPPKYTMSQ KWIMDRQNKR HLVDRSWGLK QQKADQAIGA
0501: RFNELKESVT SSEDISTKTK SVIELKKLQL LSLQRRLRSE FLHNFFKPIA NDVENLKSYK KHKHGRRIRQ LEKYEQKMKE ERQRRIRERQ KEFFGEIEVH
0601: KERLDDLSKA RRERWKGFNR YVKEFHKRKE RFHREKIDKI QREKINLLKI NDVEGYLRMV QDAKSDRVMQ LLKETEKYLQ KLGSKLKEAK SLASRFENEA
0701: DEAPVEDKTH YLESNEKYYL MAHSIKENIN EQPASLKGGK LREYQMNGLR WLLSLYNNHL NGILADEMGL GKTVQVISLI CYLMDTKNDR GPFLVVVPSS
0801: VLPGWVSEIN FWAPTIQKIV YCGPPEERRK LFKEQIVHQK FNVLLTTYEY LMNKHDRPKL SKILWHYIII DEGHRIKNAS CKLNADLKHY NSSHRLLLTG
0901: TPLQNNLEEL WALLNFLLPN IFNSSEDFSQ WFNKPFQSNG DNSAEEALLS EEENLLIINR LHQVLRPFVL RRLKHKVENE LPEKIERLIR CEASAYQKLL
1001: MKRVEDNLGS LGNMKSRAVH NSVMELRNIC NHPYLSQLHT EEVNSLIPEH YLPPVIRLCG KLEMLDRLLP KLKATDHRVL FFSTMTRLLD VMEDYLTFKG
1101: YKYLRLDGHT SGGDRGALID GFNKSDSPYF IFLLSIRAGG VGVNLQAADT VIIFDTDWNP QVDLQAQARA HRIGQKRDVL VLRFETVNTV EEQVRASAEH
1201: KLGVANQSIT AGFFDNNTSA EDRKEYLESL LRESKKEEAA PVLDDDALND IIARRESEID IFESIDNQRK EDEMETWKSL VQGSGSKSSA PIPPIPSRLV
1301: TEDDLKLLYE AMKMNNVPMV AVESNVGMKR KGGSVGGLDT QQYGRGKRAR EVRSYEEQLT EEEFEKMCQT ESTDSPRGRE EESEKNLANA TSNILGGTIG
1401: ETSLANDKVD ILTGNTGEKS LATDKVDNLA GSTGDTVLPT STALALTPQP VEPLQQSQQT PKEVTEPVKR GRGRPKRADK TPNQLSASVP GRTHATGDAR
1501: SSPVIGSDVA SGSLTSPDLS VPPGFQPLPA SNSSPMPTRG RGRGRGRGRG AGRGRRVENM LHGTDSSIGT QRTNARASLS GDPVPSNLVT LPVPSVAIDA
1601: KVPKPIKGSS SNLELGPSMH SDTTAVKPSP AVSLQESSLL DAPPGFGSGS HVQPLNVSED SLVKKAASIK NNPAVPGVVK QPVNMPSSTA LAPGQSQTTA
1701: PLNANQPLSP HLVGSTVEAA SVLSPPAPMP VKRQGRKTPN RGETPRRRGR RHVQASPAAD GSSARSTIST PQTEVKVGDS SGSKITSVGN KSDVVVQEQP
1801: HFNPSLAHSS AGTSQEKRKE ISGVGGTGRK QTTDVTDVAR VMKEIFSETS LLKHKVGEPS ETTVTNEPDG KSSETMNMHI AKTSKAENII QPADHNLRVE
1901: ATSSSVTAEK QKSESPVMVD KIIKTSSDVK ASVTHSDDIT PQDTMLVDSK RPVGSELVET EQKVATSTDP KVQIAVPVPN VSEEKKISDS SMLVHETVNP
2001: SSGSKSPVDQ SDDTPAQGTV PVDSKSPVDE VLPEINKESQ SPEAQNDGNV QSLPTPNTDS AEAPNKQAGP SISPSVSPQA MKMTENFGLI SKDSSETVPV
2101: SSVCVVEDSK MPSASNEHGS PKKPESPEIH KPSGADLDCR ITPTNSSEVA GGSNFSGTST EVPENLNDSV TKSCLEMSVS ISEKVVENEL LTPNSDDLKC
2201: VPDPEEAKDA VGVRSQLGDT AAKTNLQLNP TNSNDAVSSE KAEIISGGHT SNCPPNTSTE EALADQIVTE ETSCGVNNPG SSHFPMNEKN LISDVAHPGS
2301: GGPIELVTNR DSGTELSVVA DAGNDLVKIS GVEADSSVVQ LSSGDILPDS IASLTTTEPL PTEQQGTNLS TEVKGEEIDG DKKGTTPLIP VEQMNVQPTV
2401: GSHELERSYE ESQRSPMRFD ESSHVDSKSL DTTNQTSEEV EAKCKEGESP DDQICDVGPS SAAIQLSMSH TDGLKTQTSN KNSISLVHED YGSPLSDSAN
2501: AEQDSEESAS ILGGDSCKLG GEASTADTEM VDASVQLPFS AEQVGVGTDS PSSLPVIEGD KAENPSDERN IVDGEASGIN VSVQPEDLCM NLVETEEPAQ
2601: IGTVGDASDR AEDDMAIEAE NPSDGRNMID INPSVQPEDL SRSLGETEGP AQMGEVGDAS DHSEDNVAVS VLGEKEESND QREHLSSELS SGEQTKADNP
2701: SDEKNMIDGE ASGMNASVQP EDMSRSLIET EEPAQMGKVG DAGDHSENVP VSVLGEKEES QDQQEHLSIA LSSEEENKAE NPSDDRDMIH GEASGKNVPV
2801: QPEDLPMNLV ETEEPTQVGE VGNASDQPED KEKEESNDQG EHLSSALRSV EETKAENTPE EINMTNGEAS GINVSVQPED LSRSLFETEE PTQMEEVGNA
2901: SDLFEDNIGV LEEKEESKDQ REPLSSALSS EEENKAENPS DDTDMIGGEA SGINVSVEPE DLSRNLVKTD ESTQMEEVGK AGDQSEDNVA GVLEEKEESN
3001: DQQEHMSSAL SSEKETKAEN TPEEINMTKA ENTPEEINMT DGEASGINVS VQPEDLSMNL VETEEPTQTE EAGNASGQSE DNVAIGVLEE KEESKEQEEH
3101: LSSALSSEEE NKAENPSEDR DMIDGEASVQ PENVSTNLDE TEEPTQMGEV GNASDQSEDN VATGVLEEKE ESEGQQEHLS SALSSQKENE ESLPVEDPTV
3201: GGLDEPEAKC SVSESDVEGD GKKCVGTSES ADLDSEAPPE SVSSISAAIE PSSEPSNSLV PEESKSEELK DVADV
Best Arabidopsis Sequence Match ( AT2G28290.1 )
(BLAST)
0001: MTSSSHNIEL EAAKFLHKLI QDSKDEPAKL ATKLYVILQH MKTSGKENTM PYQVISRAMD TVVNQHGLDI EALKSSCLPH PGGTQTEDSG SAHLAGSSQA
0101: VGVSNEGKAT LVENEMTKYD AFTSGRQLGG SNSASQTFYQ GSGTQSNRSF DRESPSNLDS TSGISQPHNR SETMNQRDVK SSGKRKRGES SLSWDQNMDN
0201: SQIFDSHKID DQTGEVSKIE MPGNSGDIRN LHVGLSSDAF TTPQCGWQSS EATAIRPAIH KEPGNNVAGE GFLPSGSPFR EQQLKQLRAQ CLVFLALRNG
0301: LVPKKLHVEI ALRNTFREED GFRGELFDPK GRTHTSSDLG GIPDVSALLS RTDNPTGRLD EMDFSSKETE RSRLGEKSFA NTVFSDGQKL LASRIPSSQA
0401: QTQVAVSHSQ LTFSPGLTKN TPSEMVGWTG VIKTNDLSTS AVQLDEFHSS DEEEGNLQPS PKYTMSQKWI MGRQNKRLLV DRSWSLKQQK ADQAIGSRFN
0501: ELKESVSLSD DISAKTKSVI ELKKLQLLNL QRRLRSEFVY NFFKPIATDV EHLKSYKKHK HGRRIKQLEK YEQKMKEERQ RRIRERQKEF FGGLEVHKEK
0601: LEDLFKVRRE RLKGFNRYAK EFHKRKERLH REKIDKIQRE KINLLKINDV EGYLRMVQDA KSDRVKQLLK ETEKYLQKLG SKLKEAKLLT SRFENEADET
0701: RTSNATDDET LIENEDESDQ AKHYLESNEK YYLMAHSIKE NINEQPSSLV GGKLREYQMN GLRWLVSLYN NHLNGILADE MGLGKTVQVI SLICYLMETK
0801: NDRGPFLVVV PSSVLPGWQS EINFWAPSIH KIVYCGTPDE RRKLFKEQIV HQKFNVLLTT YEYLMNKHDR PKLSKIHWHY IIIDEGHRIK NASCKLNADL
0901: KHYVSSHRLL LTGTPLQNNL EELWALLNFL LPNIFNSSED FSQWFNKPFQ SNGESSAEEA LLSEEENLLI INRLHQVLRP FVLRRLKHKV ENELPEKIER
1001: LIRCEASAYQ KLLMKRVEDN LGSIGNAKSR AVHNSVMELR NICNHPYLSQ LHSEEVNNII PKHFLPPIVR LCGKLEMLDR MLPKLKATDH RVLFFSTMTR
1101: LLDVMEDYLT LKGYKYLRLD GQTSGGDRGA LIDGFNKSGS PFFIFLLSIR AGGVGVNLQA ADTVILFDTD WNPQVDLQAQ ARAHRIGQKK DVLVLRFETV
1201: NSVEEQVRAS AEHKLGVANQ SITAGFFDNN TSAEDRKEYL ESLLRESKKE EDAPVLDDDA LNDLIARRES EIDIFESIDK QRKENEMETW NTLVHGPGSD
1301: SFAHIPSIPS RLVTEDDLKL LYETMKLNDV PMVAKESTVG MKRKDGSMGG LDTHQYGRGK RAREVRSYEE KLTEEEFEKL CQTESPDSPQ GKGEGSERSL
1401: ANDTSNIPVE NSSDTLLPTS PTQAITVQPM EPVRPQSHTL KEETQPIKRG RGRPKRTDKA LTPVSLSAVS RTQATGNAIS SAATGLDFVS SDKRLEAASH
1501: PTSSLALTSP DLSGPPGFQS LPASPAPTPI RGRGRGRSRG RGAGRGRRVE GVLHGSNSSI TQRTETATSL ASDAEATKFA LPRSASEIVS RVPKANEGST
1601: SNPDQVSPVH SATTALRSDK AADKDLDAPP GFDSGSHVQT LNVLENSSER KAFAVKKRPL IQGVSSQHPG PNKQPLDLPV STSSTLLGGG PVQNQNAVSS
1701: VCDGSKSPSE GRTYTALQGV TTAPSDATLP MSSQPSDATL PMSSQPVGST VEAQEANVPS LPAALPAKRR VRNLPSRGET PKRQGKRRGQ PLPATDASSA
1801: RSTGLTPQIE VKVGNLSGTK AKFDAVAKEQ PHFSQSVAPD IHSSGSLSQE IRRDTSGTGG SARKQTADVT DVARVMKEIF SETSLLKHKV GEPSATTRTN
1901: VPDAQSPGEM NLHTVETHKA EDSSGLKNQE ALYNLSKADK LVSDIPHPVP GDLTTSGSVA NKDVDIGSSK VAAENELVKI PGGDVDSSVI QLSLGNTLTA
2001: KSSLEKCTAD QLLGEKLSQE GETTPASDGE TCHLAEETAS SLSYVRSEPT ASASTTAEPL PTDKLEKNIS FQDEVKTLNG DKREAILLSS EEQTNVNSKI
2101: ETNSEELQAS RTDEVPHVDG KSVDVANQTV KEDEAKHSVE IQSSMLEPDE LPNAGQKGHS SIDLQPLVLV TSNENAMSLD DKDYDPISKS ADIEQDPEES
2201: VFVQGVGRPK VGTADTQMED TNDAKLLVGC SVESEEKEKT LQSLIPGDDA DTEQDPEESV SDQRPKVGSA YTQMEDTDEA KLLMGCSVES EEKEKTLQSH
2301: IPGDDADTEK NPEESVSVQG VDRPKVGTTD TQMEDTNDAK LLVGCSVASE EKEKTLQSHI PGDDADTEQN PEESVSVQGV NRPKVGNANT QMEDTDEAKV
2401: LVGCSVESEE KEKTLQSHIP GDDADTEQNP EESVSNFDRP KDGTADTHME DIDDAKLLVG CSVESEEKEK SLQSHMPSDD AVLHAPFENT KDSKGDDLHG
2501: ESLVSCPTME VMEQKGFESE THARTDSGGI DRGNEVSENM SDGVKMNISS VQVPDASHDL NVSQDQTDIP LVGGIDPEHV QENVDVPASP HGAAPNIVIF
2601: QSEGHLSPSI LPDDVAGQLE SMSNDEKTNI SSEQVPDVSH DLKVSQDQTD IPPVGGIVPE NLQEIVDVPA SPHGVVPDVV VSQSEEIQSP SILPDDVPGQ
2701: PDDGNCEKMD TMQNNTSIDI GITSGKTCQP SSSTQPEDEN RNSLSHCEPS EVVEQRDSRD QVCIGSVESQ VEISSAILEN RSADIQPPQS ILVDQKDIEE
2801: SKEPGIESAD VSLHQLADIQ AEPSNLVDQM DIEESKEPGT ESADVSLHQL ADIQPGPSIL VDQMDTEKSK EPGTESADVS LHQLADIQPG PSILVDQMDT
2901: EKSKEPGTES ADVSLHQLAD IQPGPSILVD QMDTEEFKNP DVSLHQLADI EPSLSISAVQ KNIEDKDQSH VETAGSELVD VSAECSTEPQ VQLPPSSEPV
3001: GDMHVHLGAS KSEIVAEGTD FSSSLPKTEE ENAKSQLADT EPSSSLTAVQ KNIEDQVETA GCEFVVVSTG CSTEPQVQLP PSAEPVVAEG TEFPSSLLMT
3101: GVDNSSHLMT GVDNAKTHLA DVVPSSSPTT MEKNIEAQDQ DQVTTGGCGL VDVLTECSSE PQLQLPPSAE PVISEGTELA TLPLTEEENA DSQLANIEPS
3201: SSPSVVEKNI EAQDQDQVKT AGCELVSTGC SSEPQVHLPP SAEPDGDIHV HLKETEKSES MVVVGEGTAF PSSLPVTEEG NAESQLADTE PFTSPTVVEK
3301: NIKDQEQVET TGCGLVDDST GCSSEPQVQL PPSAEPMEGT HMHLEETKKS ETVVTEIQLA DIDPSFSLIV VQTNIEDQDQ IETGGCDLIN VPSGCSTEPQ
3401: IQLSSSAEPE EGMHIHLEAA MNSETVVTEG SELPSSLPMT EDENADGQLA EVEPSVSLTV EQTNIEEKDH IETAECELVD VSPGCSSQPE VKFPPSPDAV
3501: GGMDVHLETV VTEDTDSNSS LPKTEEKDAE NPSDRLDGES DGTTVATVEG TCVESNSLVA EESNIEVPKD NEDV
Arabidopsis Description
SYDP-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A1P8B2X1]
SUBAcon: [nucleus]
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.