Skip to main content
crop-pal logo
Canola
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: nucleus

Predictor Summary:
  • nucleus 4
  • mitochondrion 1
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDY14410 Canola nucleus 77.8 85.42
Bra000114.1-P Field mustard nucleus 86.83 72.86
GSMUA_Achr6P02430_001 Banana cytosol 19.18 58.36
KRH02187 Soybean nucleus 29.04 57.7
AT2G28290.5 Thale cress nucleus 58.84 45.23
CDY47176 Canola cytosol 7.61 44.09
HORVU7Hr1G041450.33 Barley nucleus 35.08 38.53
Solyc11g062010.1.1 Tomato nucleus 37.15 38.28
CDY57125 Canola cytosol 9.13 32.77
CDX81370 Canola cytosol 9.1 32.64
CDY53848 Canola cytosol 9.13 32.56
CDY30755 Canola cytosol 9.1 32.3
CDY18840 Canola nucleus 12.7 32.23
KRH50934 Soybean nucleus 41.88 30.38
CDX92595 Canola nucleus 9.79 30.09
TraesCS7D01G206700.2 Wheat nucleus 36.24 29.58
TraesCS7B01G110600.1 Wheat nucleus 36.21 29.42
TraesCS7A01G203600.1 Wheat nucleus 36.14 29.29
CDY18857 Canola nucleus 10.41 27.26
CDY24695 Canola nucleus 10.26 26.78
CDY13907 Canola nucleus 10.3 26.72
CDY04120 Canola cytosol 7.39 26.71
CDY48619 Canola nucleus, plastid 7.35 26.41
CDY02609 Canola nucleus 10.04 26.16
Zm00001d037346_P007 Maize nucleus 35.84 25.85
OQU76185 Sorghum nucleus 37.12 25.2
CDY05261 Canola endoplasmic reticulum, extracellular, golgi, nucleus, plasma membrane, vacuole 10.33 25.07
CDX74702 Canola cytosol 7.79 24.6
CDY18960 Canola cytosol 7.75 24.51
CDX75208 Canola cytosol 9.13 20.99
CDX68802 Canola cytosol 9.21 20.84
VIT_05s0020g02020.t01 Wine grape nucleus 20.2 20.76
CDX81444 Canola nucleus 11.54 18.72
CDY37209 Canola nucleus 11.35 18.51
CDY56279 Canola cytosol 9.02 18.47
CDY67658 Canola cytosol, nucleus 7.46 18.16
CDX76767 Canola cytosol, nucleus, plastid 8.99 17.95
CDY30994 Canola nucleus 4.04 17.34
CDY27338 Canola nucleus, plastid 13.21 17.25
CDY37083 Canola plastid 13.14 17.12
CDX83383 Canola nucleus, plastid 13.14 16.91
CDY68094 Canola nucleus 7.53 16.6
CDX72050 Canola cytosol 8.73 16.29
CDX95673 Canola cytosol 5.82 16.26
CDX88940 Canola nucleus 9.35 15.54
CDY08401 Canola nucleus 11.1 15.21
CDY52874 Canola nucleus 11.14 15.17
CDX95672 Canola plastid 5.13 13.06
CDY06115 Canola nucleus 8.7 12.69
CDY71637 Canola nucleus 2.04 7.57
Protein Annotations
MapMan:12.4.1.1.3Gene3D:3.40.50.10810Gene3D:3.40.50.300GO:A0A078F7L9UniProt:A0A078F7L9EnsemblPlants:CDY07678
ProteinID:CDY07678ProteinID:CDY07678.1ncoils:CoilGO:GO:0000166GO:GO:0003674GO:GO:0005488
GO:GO:0005515GO:GO:0005524GO:GO:0005575GO:GO:0005622GO:GO:0005623GO:GO:0005634
GO:GO:0006139GO:GO:0006355GO:GO:0008150GO:GO:0008152GO:GO:0009058GO:GO:0009987
GO:GO:0042393EnsemblPlantsGene:GSBRNA2T00124792001InterPro:Gln-Leu-Gln_QLQInterPro:HSA_domInterPro:Helicase_ATP-bdInterPro:Helicase_C
InterPro:IPR001650InterPro:IPR014001InterPro:IPR014012InterPro:IPR014978InterPro:IPR038718InterPro:P-loop_NTPase
PFAM:PF00176PFAM:PF00271PFAM:PF14619PFscan:PS51192PFscan:PS51194PFscan:PS51204
PANTHER:PTHR10799PANTHER:PTHR10799:SF926SMART:SM00487SMART:SM00490SMART:SM00951SMART:SM01314
InterPro:SNF2-like_sfInterPro:SNF2_NSUPFAM:SSF52540InterPro:SnACUniParc:UPI0004EDD62ASEG:seg
Description
BnaA03g18330DBnaA03g18330D protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A078F7L9]
Coordinates
chrLK031980:+:440974..457033
Molecular Weight (calculated)
301969.0 Da
IEP (calculated)
5.296
GRAVY (calculated)
-0.690
Length
2748 amino acids
Sequence
(BLAST)
0001: MSSSSHNIEL EAAKFLHKLI QDSKDEPSKL ATKLYVILQH MKTSGKEHSM PYQVISRAME TVVNQHGLDI EALTSPRLPH AGGSSTQMED SGSAHIAGSS
0101: QVVGVNNESK ASLVENEMSK YDAFTSGRQL GGSTSASQAV YQGPGTRTNR SFDHDSPSSL DSKPGNAQSH DRNETMNQRD AKSSAKRKRG ESSFSWDQNM
0201: DNSQQFDTHG TVDDQTRKMS KVEMPATGDG ENLHVGLSSD AYTTPQGGWQ NSEIIANRPP AHRDTGKSVA AEDAPPSGQL FKEQQLKQLR AQCLVFLALR
0301: NGLMPKKLHI DIALGNVFPK DDGFRRELLD QKGRPHSLSE SGSIVEVSAP SARMDNPTGK LAEMDFSSKE TVMPRLEDKI SNAIFPDGQK LLLQSNTPEA
0401: PAQNQVSGSH SELASSSGGV TKHAPVEMVG WTGTINRNDA STFTFESDEL CAPDQEEGNM QPPPKYTMSQ KWIMDRQNKR HLVDRSWGLK QQKADQAIGA
0501: RFNELKNNSI VSYYAVICAC RDGENLHVGL SSDAYTTPQG GWQNSEIIAN RPPAHRDTGK SVAAEDAPPS GQLFKEQQLK QLRAQCLVFL ALRNGLMPKK
0601: LHIDIALGNV FPKDDGFRRE LLDQKGRPHS LSESGSIVEV SAPSARMDNP TGKLAEMDFS SKETVMPRLE DKISNAIFPD GQKLLLQSNT PEAPAQNQVS
0701: GSHSELASSS GGVTKHAPVE MVGWTGTINR NDASTFTFES DELCAPDQEE GNMQPPPKYT MSQKWIMDRQ NKRHLVDRSW GLKQQKADQA IGARFNELKE
0801: SVTSSEDIST KTKSVIELKK LQLLSLQRRL RSEFLHNFFK PIANDVENLK SYKKHKHGRR IRQLEKYEQK MKEERQRRIR ERQKEFFEEI EVHKERLDDL
0901: SKTRRERWKG FNRYVKEFHK RKERFHREKI DKIQREKINL LKINDVEGYL RMVQDAKSDR VMQLLKETEK YLQKLGSKLK EAKSLASRFE NEADEAPVED
1001: KTHYLESNEK YYLMAHSIKE NINEQPASLK GGKLREYQMN GLRWLLSLYN NHLNGILADE MGLGKTVQVI SLICYLMDTK NDRGPFLVVV PSSVLPGWVS
1101: EINFWAPTIQ KIVYCGPPEE RRKLFKEQIV HQKFNVLLTT YEYLMNKHDR PKLSKILWHY IIIDEGHRIK NASCKLNADL KHYNSSHRLL LTGTPLQNNL
1201: EELWALLNFL LPNIFNSSED FSQWFNKPFQ SNGDNSAEEA LLSEEENLLI INRLHQVLRP FVLRRLKHKV ENELPEKIER LIRCEASAYQ KLLMKRVEDN
1301: LGSLGNMKSR AVHNSVMELR NICNHPYLSQ LHTEEVNSLI PEHYLPPVIR LCGKLEMLDR LLPKLKATDH RVLFFSTMTR LLDVMEDYLT FKGYKYLRLD
1401: GHTSGGDRGA LIDGFNKSDS PYFIFLLSIR AGGVGVNLQA ADTVIIFDTD WNPQVDLQAQ ARAHRIGQKR DVLVLRFETV NTVEEQVRAS AEHKLGVANQ
1501: SITAGFFDNN TSAEDRKEYL ESLLRESKKE EAAPVLDDDA LNDIIARRES EIDIFESIDN QRKEDEMETW KSLVQGSGSK SSAPIPPIPS RLVTEDDLKL
1601: LYEAMKMNNV PMVAVESNVG MKRKGGSVGG LDTQQYGRGK RAREVRSYEE QLTEEEFEKM CQTESTDSPR GKEEESEKNL ANATSNILGG TIGETSLAND
1701: KVDILTGNTG EKSLATDKVD NLAGSTGDTV LPTSTALALT PQPVEPLQQS QQTPKEVTEP VKRGRGRPKR ADKTPNQLSA SVPGRTHATG DARSSPVIGS
1801: DVASGSLTSP DLSVPPGFQP LPASNSSPMP TRGRGRGRGR GRGAGRGRRV ENMLHGTDSS IGTQRTNARA SLSGDPVASN LVTLPVPSVA IDAKVPKPIK
1901: GSSSNLELGP SMHSDTTAVK PSPAVSLQES SLLDAPPGFG SGSHVQPLNV SEDSLVKKAA FIKNKPAVPG VVKQPVNMPS STALGPGQSQ TTAPLNANQP
2001: LSSHLVGSTV EGASVLSPPA PMPVKRQGRK TPSRGETPRR RGRRHVQASP AADGSSARST MSTPQTEVKV GDSSGSKTTS VGNKSDVVVQ EQPHFNPSLA
2101: HSSAGTSQEK RKEISGVGGT GRKQTTDVTD VARVMKEIFS ETSLLKHKVG EPSETTVTNE PDGKSSETMN MHIAKTSKAE NIIQPADHNM GVETIGSSVS
2201: VEKQKSESSV MVDKIIKTSS DVKASVTHSD DITPQDTMLV DSKQVPEDLN DSVTKSSLEM SVSISEKVLE SELLTPNSDD LKFVLDPEEA KDVVDILPDS
2301: VASLTTTELL PTEQQETNLS TEVKGEEIDG DKKGTTSLIP VEQMNVQPTV GSHELERSYE ESQGSPMRID ESSYVDSKSL DTTNQTSEED EAKRKEGESP
2401: DDQICDVGPS SAAIQLSTPH TVGLKTQTSN KNSISLVHED YGSPLSDSAN AEQDSGESAS ILGGDSCKLG GEAITADTEM VDASVQLPFS AEQLGVGTDP
2501: PSSLPVIEGD KAVNPSDERN IVDGEASGIN VSVQPEDLCM NLVETEEPAQ MGTVAGNASG QSEDNMAIGV LEEKEESKDQ EEHISSALSS EKENKAENPS
2601: EDRDMIDGEA SVQPENATQM DEVGNASDQS EDNVATGVLE EKEESEGQQE HLSSALSSQK ENEESLPVED PTVGGLDEPE AKCSVSESDV EGDGKKCVGT
2701: SESADLDSEA PPESVSSISA AIEPSSEPSN SLVPEESKSE ELKDVADV
Best Arabidopsis Sequence Match ( AT2G28290.1 )
(BLAST)
0001: MTSSSHNIEL EAAKFLHKLI QDSKDEPAKL ATKLYVILQH MKTSGKENTM PYQVISRAMD TVVNQHGLDI EALKSSCLPH PGGTQTEDSG SAHLAGSSQA
0101: VGVSNEGKAT LVENEMTKYD AFTSGRQLGG SNSASQTFYQ GSGTQSNRSF DRESPSNLDS TSGISQPHNR SETMNQRDVK SSGKRKRGES SLSWDQNMDN
0201: SQIFDSHKID DQTGEVSKIE MPGNSGDIRN LHVGLSSDAF TTPQCGWQSS EATAIRPAIH KEPGNNVAGE GFLPSGSPFR EQQLKQLRAQ CLVFLALRNG
0301: LVPKKLHVEI ALRNTFREED GFRGELFDPK GRTHTSSDLG GIPDVSALLS RTDNPTGRLD EMDFSSKETE RSRLGEKSFA NTVFSDGQKL LASRIPSSQA
0401: QTQVAVSHSQ LTFSPGLTKN TPSEMVGWTG VIKTNDLSTS AVQLDEFHSS DEEEGNLQPS PKYTMSQKWI MGRQNKRLLV DRSWSLKQQK ADQAIGSRFN
0501: ELKESVSLSD DISAKTKSVI ELKKLQLLNL QRRLRSEFVY NFFKPIATDV EHLKSYKKHK HGRRIKQLEK YEQKMKEERQ RRIRERQKEF FGGLEVHKEK
0601: LEDLFKVRRE RLKGFNRYAK EFHKRKERLH REKIDKIQRE KINLLKINDV EGYLRMVQDA KSDRVKQLLK ETEKYLQKLG SKLKEAKLLT SRFENEADET
0701: RTSNATDDET LIENEDESDQ AKHYLESNEK YYLMAHSIKE NINEQPSSLV GGKLREYQMN GLRWLVSLYN NHLNGILADE MGLGKTVQVI SLICYLMETK
0801: NDRGPFLVVV PSSVLPGWQS EINFWAPSIH KIVYCGTPDE RRKLFKEQIV HQKFNVLLTT YEYLMNKHDR PKLSKIHWHY IIIDEGHRIK NASCKLNADL
0901: KHYVSSHRLL LTGTPLQNNL EELWALLNFL LPNIFNSSED FSQWFNKPFQ SNGESSAEEA LLSEEENLLI INRLHQVLRP FVLRRLKHKV ENELPEKIER
1001: LIRCEASAYQ KLLMKRVEDN LGSIGNAKSR AVHNSVMELR NICNHPYLSQ LHSEEVNNII PKHFLPPIVR LCGKLEMLDR MLPKLKATDH RVLFFSTMTR
1101: LLDVMEDYLT LKGYKYLRLD GQTSGGDRGA LIDGFNKSGS PFFIFLLSIR AGGVGVNLQA ADTVILFDTD WNPQVDLQAQ ARAHRIGQKK DVLVLRFETV
1201: NSVEEQVRAS AEHKLGVANQ SITAGFFDNN TSAEDRKEYL ESLLRESKKE EDAPVLDDDA LNDLIARRES EIDIFESIDK QRKENEMETW NTLVHGPGSD
1301: SFAHIPSIPS RLVTEDDLKL LYETMKLNDV PMVAKESTVG MKRKDGSMGG LDTHQYGRGK RAREVRSYEE KLTEEEFEKL CQTESPDSPQ GKGEGSERSL
1401: ANDTSNIPVE NSSDTLLPTS PTQAITVQPM EPVRPQSHTL KEETQPIKRG RGRPKRTDKA LTPVSLSAVS RTQATGNAIS SAATGLDFVS SDKRLEAASH
1501: PTSSLALTSP DLSGPPGFQS LPASPAPTPI RGRGRGRSRG RGAGRGRRVE GVLHGSNSSI TQRTETATSL ASDAEATKFA LPRSASEIVS RVPKANEGST
1601: SNPDQVSPVH SATTALRSDK AADKDLDAPP GFDSGSHVQT LNVLENSSER KAFAVKKRPL IQGVSSQHPG PNKQPLDLPV STSSTLLGGG PVQNQNAVSS
1701: VCDGSKSPSE GRTYTALQGV TTAPSDATLP MSSQPSDATL PMSSQPVGST VEAQEANVPS LPAALPAKRR VRNLPSRGET PKRQGKRRGQ PLPATDASSA
1801: RSTGLTPQIE VKVGNLSGTK AKFDAVAKEQ PHFSQSVAPD IHSSGSLSQE IRRDTSGTGG SARKQTADVT DVARVMKEIF SETSLLKHKV GEPSATTRTN
1901: VPDAQSPGEM NLHTVETHKA EDSSGLKNQE ALYNLSKADK LVSDIPHPVP GDLTTSGSVA NKDVDIGSSK VAAENELVKI PGGDVDSSVI QLSLGNTLTA
2001: KSSLEKCTAD QLLGEKLSQE GETTPASDGE TCHLAEETAS SLSYVRSEPT ASASTTAEPL PTDKLEKNIS FQDEVKTLNG DKREAILLSS EEQTNVNSKI
2101: ETNSEELQAS RTDEVPHVDG KSVDVANQTV KEDEAKHSVE IQSSMLEPDE LPNAGQKGHS SIDLQPLVLV TSNENAMSLD DKDYDPISKS ADIEQDPEES
2201: VFVQGVGRPK VGTADTQMED TNDAKLLVGC SVESEEKEKT LQSLIPGDDA DTEQDPEESV SDQRPKVGSA YTQMEDTDEA KLLMGCSVES EEKEKTLQSH
2301: IPGDDADTEK NPEESVSVQG VDRPKVGTTD TQMEDTNDAK LLVGCSVASE EKEKTLQSHI PGDDADTEQN PEESVSVQGV NRPKVGNANT QMEDTDEAKV
2401: LVGCSVESEE KEKTLQSHIP GDDADTEQNP EESVSNFDRP KDGTADTHME DIDDAKLLVG CSVESEEKEK SLQSHMPSDD AVLHAPFENT KDSKGDDLHG
2501: ESLVSCPTME VMEQKGFESE THARTDSGGI DRGNEVSENM SDGVKMNISS VQVPDASHDL NVSQDQTDIP LVGGIDPEHV QENVDVPASP HGAAPNIVIF
2601: QSEGHLSPSI LPDDVAGQLE SMSNDEKTNI SSEQVPDVSH DLKVSQDQTD IPPVGGIVPE NLQEIVDVPA SPHGVVPDVV VSQSEEIQSP SILPDDVPGQ
2701: PDDGNCEKMD TMQNNTSIDI GITSGKTCQP SSSTQPEDEN RNSLSHCEPS EVVEQRDSRD QVCIGSVESQ VEISSAILEN RSADIQPPQS ILVDQKDIEE
2801: SKEPGIESAD VSLHQLADIQ AEPSNLVDQM DIEESKEPGT ESADVSLHQL ADIQPGPSIL VDQMDTEKSK EPGTESADVS LHQLADIQPG PSILVDQMDT
2901: EKSKEPGTES ADVSLHQLAD IQPGPSILVD QMDTEEFKNP DVSLHQLADI EPSLSISAVQ KNIEDKDQSH VETAGSELVD VSAECSTEPQ VQLPPSSEPV
3001: GDMHVHLGAS KSEIVAEGTD FSSSLPKTEE ENAKSQLADT EPSSSLTAVQ KNIEDQVETA GCEFVVVSTG CSTEPQVQLP PSAEPVVAEG TEFPSSLLMT
3101: GVDNSSHLMT GVDNAKTHLA DVVPSSSPTT MEKNIEAQDQ DQVTTGGCGL VDVLTECSSE PQLQLPPSAE PVISEGTELA TLPLTEEENA DSQLANIEPS
3201: SSPSVVEKNI EAQDQDQVKT AGCELVSTGC SSEPQVHLPP SAEPDGDIHV HLKETEKSES MVVVGEGTAF PSSLPVTEEG NAESQLADTE PFTSPTVVEK
3301: NIKDQEQVET TGCGLVDDST GCSSEPQVQL PPSAEPMEGT HMHLEETKKS ETVVTEIQLA DIDPSFSLIV VQTNIEDQDQ IETGGCDLIN VPSGCSTEPQ
3401: IQLSSSAEPE EGMHIHLEAA MNSETVVTEG SELPSSLPMT EDENADGQLA EVEPSVSLTV EQTNIEEKDH IETAECELVD VSPGCSSQPE VKFPPSPDAV
3501: GGMDVHLETV VTEDTDSNSS LPKTEEKDAE NPSDRLDGES DGTTVATVEG TCVESNSLVA EESNIEVPKD NEDV
Arabidopsis Description
SYDP-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A1P8B2X1]
SUBAcon: [nucleus]
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.