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Thale cress
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Thale cress
Subcellular Localization
min:
: max

 
Winner_takes_all: mitochondrion

Predictor Summary:
  • plastid 2
  • mitochondrion 7
Predictors GFP MS/MS Papers
Winner Takes All:mitochondrion
Any Predictor:mitochondrion, plastid
BaCelLo:plastid
ChloroP:plastid
iPSORT:mitochondrion
MultiLoc:mitochondrion
Predotar:mitochondrion
PProwler:mitochondrion
TargetP:mitochondrion
WoLF PSORT:mitochondrion
YLoc:mitochondrion
PPI
No PPI Data
Homology

Paralog

locusIdentityHomology Identity

Ortholog

locusHomology SpeciesLocationIdentityHomology Identity
CDY30754 Canola mitochondrion 94.32 95.37
CDY53847 Canola mitochondrion 94.16 95.22
CDY57124 Canola mitochondrion 94.01 95.06
Bra012100.1-P Field mustard mitochondrion 93.53 95.03
CDY49839 Canola mitochondrion 93.85 94.75
CDX81369 Canola mitochondrion 93.69 94.59
GSMUA_Achr7P00810_001 Banana cytosol 87.07 92.15
PGSC0003DMT400038576 Potato mitochondrion 90.85 91.43
Solyc02g085350.2.1 Tomato mitochondrion 90.22 90.94
HORVU0Hr1G013850.1 Barley cytosol 78.55 90.88
Zm00001d007966_P001 Maize mitochondrion 88.01 90.15
KXG34367 Sorghum mitochondrion 87.7 89.82
KRH69929 Soybean mitochondrion 89.75 89.75
EER90804 Sorghum mitochondrion 87.7 89.68
TraesCS2A01G255100.1 Wheat plastid 87.22 89.34
TraesCS2D01G255500.1 Wheat mitochondrion, plastid 87.22 89.34
TraesCS5B01G414900.1 Wheat mitochondrion, plastid 87.38 89.21
TraesCS5A01G411200.1 Wheat golgi, mitochondrion 87.07 88.89
KRH76805 Soybean mitochondrion 88.17 88.73
KRH28665 Soybean mitochondrion 88.17 88.73
TraesCS5D01G420100.1 Wheat mitochondrion 82.49 88.49
HORVU2Hr1G061040.10 Barley mitochondrion 73.66 88.28
TraesCS2B01G267100.1 Wheat mitochondrion 79.5 88.27
Zm00001d008855_P001 Maize cytosol, mitochondrion, peroxisome 31.23 87.61
Os07t0134800-01 Rice mitochondrion 86.91 87.46
AT2G18450.1 Thale cress mitochondrion 86.75 87.03
VIT_04s0023g01650.t01 Wine grape mitochondrion 90.22 85.37
Zm00001d018758_P001 Maize mitochondrion 79.18 80.58
Zm00001d029250_P001 Maize cytosol 8.99 77.03
Zm00001d014927_P001 Maize cytosol, mitochondrion, peroxisome 15.3 75.78
Zm00001d038502_P001 Maize cytosol 18.14 52.75
Zm00001d025385_P001 Maize cytosol 9.78 47.69
Zm00001d029316_P001 Maize cytosol 12.15 39.9
AT5G14760.1 Thale cress plastid 29.5 28.73
Protein Annotations
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ScanProsite:PS00504PANTHER:PTHR11632PANTHER:PTHR11632:SF51Symbol:SDH1-1SUPFAM:SSF46977SUPFAM:SSF51905
SUPFAM:SSF56425InterPro:Succ_DH/fumarate_Rdtase_cat_sfInterPro:Succ_DH_flav_su_fwdInterPro:Succ_Dhase_FrdA_GnegTIGRFAMs:TIGR01812TIGRFAMs:TIGR01816
UniParc:UPI00000014D3SEG:seg::::
Description
SDH1-1Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A178UAN3]
Coordinates
chr5:+:26653607..26657696
Molecular Weight (calculated)
69660.3 Da
IEP (calculated)
6.237
GRAVY (calculated)
-0.355
Length
634 amino acids
Sequence
(BLAST)
001: MWRCVSRGFR APASKTSSLF DGVSGSRFSR FFSTGSTDTR SSYTIVDHTY DAVVVGAGGA GLRAAIGLSE HGFNTACITK LFPTRSHTVA AQGGINAALG
101: NMSEDDWRWH MYDTVKGSDW LGDQDAIQYM CREAPKAVIE LENYGLPFSR TEEGKIYQRA FGGQSLDFGK GGQAYRCACA ADRTGHALLH TLYGQAMKHN
201: TQFFVEYFAL DLLMASDGSC QGVIALNMED GTLHRFRSSQ TILATGGYGR AYFSATSAHT CTGDGNAMVA RAGLPLQDLE FVQFHPTGIY GAGCLITEGS
301: RGEGGILRNS EGERFMERYA PTAKDLASRD VVSRSMTMEI REGRGVGPHK DHIYLHLNHL PPEVLKERLP GISETAAIFA GVDVTKEPIP VLPTVHYNMG
401: GIPTNYHGEV VTIKGDDPDA VIPGLMAAGE AACASVHGAN RLGANSLLDI VVFGRACANR VAEISKPGEK QKPLEKDAGE KTIAWLDRLR NSNGSLPTST
501: IRLNMQRIMQ NNAAVFRTQE TLEEGCQLID KAWESFGDVQ VKDRSMIWNS DLIETLELEN LLINASITMH SAEARKESRG AHAREDFTKR EDGEWMKHTL
601: GYWEDEKVRL DYRPVHMDTL DDEIDTFPPK ARVY
Hydropathy Plot

About CropPAL

The Protein Annotated Locations Database (CropPAL) houses large scale proteomic and GFP localization data from published experimental studies in Soybean (Glycine max), Maize (Zea mays), Wheat (Triticum aestivum), Barley (Hordeum vulgare), Rice (Oryza sativa), Field mustard (Brassica rapa), Canola (Brassica napus), Sorghum (Sorghum bicolor), Potato (Solanum tuberosum), Tomato (Solanum lycopersicum), Banana (Musa acuminata) and Wine grape (Vitis vinifera) as well as precomputed predictions for protein subcellular localizations using protein sequences.